当存在可逆反应或反馈调节时,假设代谢物2可以代谢为代谢物3,反过来代谢物3又可以逆反应为代谢物2,这时我们需要准备的是表 C中的形式,在原表格 B的基础之上添加了一行以代谢物3为source,以代谢物2为target。这样得到的网络图(因不同工具、不同参数可能会有不同)可能是图 C,也可能是图 D[W用1] ,但我们需要...
1. 用节点表示代谢物、菌群等变量,用边表示节点之间的相关性,此时绘制的是相关性网络图 2. 用不同节点表示基因、代谢物、酶等,用边表示节点之间的相互作用关系,用不同种类的箭头表示促进、抑制、催化等不同相互作用,此时绘制的是代谢通路图 网络图可以很好的诠释“一图胜千言”这句话,不仅能够帮助研究者从数据...
1. Metscape:创建网络图、对人类代谢网络数据的可视化呈现。下载后简单注册一下就可以使用。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2844990/ 。类似插件:CyPathia、CyPath2等。 2. CyKEGGParser:从KEGG官网/本地导入KEGG的通路信息,进行相应...
直接赋值映射常用于在网络图中展示节点的名称,在网络图中直接展示节点的名称,或者将准备好的颜色变量直接传递给对应属性,或者将前面准备好的控制节点大小的值直接Mapping到节点大小(“Size”)属性上(但是不建议将节点大小、边的粗细等属性直接传递,因为直接传递可能会出现不够美观,或者某些节点过大/过小的现象,这时还是...
1. Metscape:创建网络图、对人类代谢网络数据的可视化呈现。下载后简单注册一下就可以使用。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2844990/ 。类似插件:CyPathia、CyPath2等。 2. CyKEGGParser:从KEGG官网/本地导入KEGG的通路信息,进行相应的修饰。类似插件:CytoKegg、KEGGscape、CytoKegg。
生化代谢网络图 Glc G-6-P F-6-P F-1,6-2P DHAP 甘油醛-3-P 1,3-2P-甘油酸 3-P-甘油酸 PEP Py Py Acetyl CoA PEP OA Mal Mal OA Citrate G-1-P UDPG 糖原 UDP-Gal Gal-1-P Gal 极限糊精 UDP-G-醛酸 Man-6-P Man 甘油-3-P 甘油 Acyl CoA FA FA 乙醇 ...
如下图所示,Cytoscape主要可分6个主要的功能区:菜单栏;工具栏;控制面板;网络主视图窗口;常用功能快速按钮;数据表格面板。 4.1 菜单栏 1.4.1 File菜单 文件(File)菜单包含打开、保存、关闭网络图文件、导入导出网络数据、输出图片等操作。 注:如果您看了一...
3. 计算数据集中各个代谢物之间的Spearman相关性,获得相关性系数r矩阵、p值矩阵; 4. 将p、r矩阵整理为网络图所需“边文件(edge file)”,并生成附加的用于表示边的颜色、粗细的列; 5. 准备网络图中所需“节点文件(node file)”,利用各个代谢物的分类生成控制颜色的变量,利用节点在网络中的连接数生成权重变量...
脂代谢、氨基酸代谢、核苷酸代谢、DNA复制、RNA转录，蛋白质翻译合成、胆色素代谢，血红素代谢、氧化磷酸化...
如下图所示,Cytoscape主要可分6个主要的功能区:菜单栏;工具栏;控制面板;网络主视图窗口;常用功能快速按钮;数据表格面板。 4.1 菜单栏 1.4.1 File菜单 文件(File)菜单包含打开、保存、关闭网络图文件、导入导出网络数据、输出图片等操作。 注:如果您看了一些早期版本的Cytoscape教程,教程中可能会要求您将数据文件整理...