差异丰度得分da score 代谢组学差异丰度得分(DA Score)是一种用于代谢组学研究中对样本进行差异分析的指标。在代谢组学研究中,我们常常需要比较不同样本之间的代谢物丰度,以发现可能与特定生理或疾病状态相关的代谢物。差异丰度得分就是一种常用的统计方法,用于量化代谢物在不同样本中的差异程度。 我们来了解一下...
sample.score = oplsda@scoreMN %>% #得分矩阵 as.data.frame() %>% mutate(gender = sacurine[["sampleMetadata"]][["gender"]], o1 = oplsda@orthoScoreMN[,1]) #正交矩阵head(sample.score)#查看 p <- ggplot(sample.score, aes(p1, o1, color = gender)) +geom_hline(yintercept = 0, ...
Inertia(惯量)柱形图(右上):通过展示累计解释率评估正交组分是否足够 离群点展示(左下):通过scoreMN和loadingMN计算出各样本在投影平面及正交平面的坐标,并标明相互差异较大的样本。 x-score plot(右下):各样本在PLS-DA轴中的坐标;R2X、R2Y等值展示在下方,用于评估模型优度: R2X和R2Y表示模型对X矩阵和Y矩阵...
左下x-score:沿每个轴的方差等于由每个成分表示的方差:因此它取决于矩阵X的总方差以及成分代表该方差的百分比; 当从一个成分到另一个更高指数的成分时,x-score会降低。 右下x-loading:3个变量每次加载的最极端值(正值和负值)为黑色并带有标签。 注意 由于dataMatrix不包含缺失值,因此奇异值默认使用分解; NIPALS ...
离群点展示(左下) :通过scoreMN和loadingMN计算出各样本在投影平面及正交平面的坐标,并标明相互差异较大的样本。 x-score plot(右下) :各样本在PLS-DA轴中的坐标;R2X、R2Y等值展示在下方,用于评估模型优度: 与其说是可视化方法,不如称为数据提取章节。 通过变量投影重要度(Variable Importance for the Project...
x-score plot(右下) ：各样本在PLS-DA轴中的坐标；R2X、R2Y等值展示在下方，用于评估模型优度：与其说是可视化方法，不如称为数据提取章节。通过变量投影重要度(Variable Importance for the Projection，VIP)，可以衡量各代谢物组分含量对样本分类判别的影响强度和解释能力，辅助标志代谢物的筛选(阈值...