HMDB (人类代谢组数据库)收录了很多代谢组的数据,用于代谢组学、临床化学、生物标志物开啊和基本教育等。数据联通化学、临床、分子生物学3个层次,共有114,099个代谢物。 网站提供了多种浏览和查询功能,可以关注不同的疾病、通路、BMI、年龄、性别相关代谢组学。 下图展示的是BMI相关代谢物的数据。 如果我们想把这...
MassBank(https://massbank.eu/)是一个网络开放的数据库,旨在公开分享从代谢物的化学标准品得到的质谱图以方便用户进行代谢物的鉴定。MassBank的数据主要来自日本,但也有来自欧盟、瑞士、巴西和中国的成员提供的数据。 MassBank包含了代谢物的质谱信息以及采集情况,这些信息来自于不同的质谱仪设置,包括不同的电离技术例...
应用于天然产物研究与开发的代谢组学数据库 张柳，王丽瑶，张凯雪，魏冠华，杨志刚 (兰州大学药学院，兰州 730000)摘要 代谢组学在对生物体系的小分子代谢物进行定性和定量研究中产生了大量的数据，成为天然产物研究和 开发的重要工具。一系列公开、方便且注释良好的代谢组学数据库和全功能软件的开发促进了天然产物...
LMSD数据库(LIPID MAPS Structure Database,http://www.lipidmaps.org/data/structure/)包含了生物相关的脂质的结构以及注释。该数据库包含了超过40000个脂质的结构,这使其成为了目前世界上最大的公共脂质数据库。LMSD数据库将所有的脂质分为八个类别,每个类别又具有自己的下一级分类。所有在LMSD数据库中的脂质化合...
总体来说,NIST数据库是一个可以用于基于LC-MS代谢组学代谢物鉴定的全面的质谱数据库。虽然在最新版的数据库中已经为每一个化合物都添加了InChI命名,但是这些数据尚不能链接到其他代谢组学数据库(如KEGG、HMDB等)来对化合物进行进一步的分析。 NIST数据库可以以某种方式与大多数供应商软件连接进行离线检索。
重要的是,METLIN数据库在三种不同的碰撞能量下(10、20和40V)系统地获得了超过13000种化学标准品的高分辨串联质谱信息。这些信息都是使用安捷伦公司的ESI-Q-TOF质谱仪分别在正负离子模式下进行采集,一共有超过68000张高分辨的二级质谱图,这使得METLIN成为了基于质谱的代谢组学研究中最大的质谱数据库之一。
基于GC-MS的非靶向代谢组学以及常用的数据库(三) The Fiehn library The Fiehn library(FiehnLib)数据库中含有超过2200个EI质谱图和RIs,这些信息来源于大于1000个分子量在550Da的代谢物,覆盖了包括脂类、氨基酸、脂肪酸、胺类、醇类、糖类、氨基糖类、糖醇类、糖酸类、有机磷酸盐类、羟基酸类、芳香类、嘌呤类和...