● 宏基因组-代谢组的联合分析可以用来解释差异菌群与差异代谢物的关联性；● 从而帮助建立微生物-代谢物-表型之间的逻辑关系。凌恩生物的宏基因组学引入了宏观生态的研究理念，对环境中微生物菌群的多样性、功能活性等宏观特征进行研究，可以更准确地反应出微生物生存的真实状态；生信团队拥有10余年经验，1对1项目服...
图1 与正常人群相比,结直肠癌(CRC)和腺瘤患者血清代谢组的变化2、异常结直肠患者肠道微生物与血清代谢物的研究 1)粪便肠道微生物组与血清代谢组的关联分析 通过对血清和粪便匹配队列中进行整合的微生物组-代谢组分析(图2A)。宏基因组数据发现了12 455个微生物组物种,并观察到产肠毒素细菌脆弱拟杆菌 (ETBF) 升高...
图1 与正常人群相比,结直肠癌(CRC)和腺瘤患者血清代谢组的变化2、异常结直肠患者肠道微生物与血清代谢物的研究1)粪便肠道微生物组与血清代谢组的关联分析 通过对血清和粪便匹配队列中进行整合的微生物组-代谢组分析(图2A)。宏基因组数据发现了12 455个微生物组物种,并观察到产肠毒素细菌脆弱拟杆菌(ETBF) 升高,益...
因此,联合宏基因组学和代谢组学对肠道环境相关变化进行关联分析可诠释CRC发展过程。日本东京工业大学Takuji Yamada科研团队对来大队列CRC样本进行了粪便宏基因组和代谢组学研究,获得不同阶段CRC特异性表型的微生物和代谢标志物,相关成果发表于《Nature Medicine》。 粪便宏基因组学和代谢组学分析 根据肠镜和组织学检查结...
● 宏基因组-代谢组的联合分析可以用来解释差异菌群与差异代谢物的关联性; ● 从而帮助建立微生物-代谢物-表型之间的逻辑关系。 凌恩生物的宏基因组学引入了宏观生态的研究理念,对环境中微生物菌群的多样性、功能活性等宏观特征进行研究,可以更准确地反应出微生物生存的真实状态;生信团队拥有10余年经验,1对1项目服...
微生物组-代谢组的联合分析可以用来解释差异菌群与差异代谢物的关联性,从而帮助建立微生物-代谢物-表型之间的逻辑关系。 扩增子&宏基因组 相比16s扩增子测序,宏基因组具有两个明显优势: (1) 16s测序只能获得物种组成及丰度,宏基因组除了可以获得物种组成及丰度,更能获得功能基因的组成及丰度。
结合MCDA-D中屎肠球菌和粪肠球菌的显著减少,作者推测肠道菌群下调的氨基酸代谢可能是选择性FGR病理损伤的原因之一。作者进一步基于宏基因组数据对这些基因和代谢物进行代谢通路富集分析,比较MCDA-C和MCDA-D之间的差异,发现氮代谢、叶酸代谢...
图9 基迪奥Omicsmart 16S+代谢组关联分析动态报告中O2PLS分析 3 KEGG代谢通路关联 KEGG数据库包含了大量通路信息,每条pathway中整合了基因、酶和代谢物的作用关系,可以据此整合宏基因组和代谢组数据,探讨基因丰度上的变化对代谢产物的影响。 (1)注释结果整合。整合鉴定到的微生物基因,和代谢物的KEGG注释信息,找到共有...
比较分析的结果显示,就短链脂肪酸产量、代谢谱和胆汁酸的转化而言,AC、TC 和 DC 区域的代谢之间存在很大的差异。宏基因组评估结果显示,不同区域的代谢轮廓与微生物群落组成和遗传潜能之间存在强相关性。总之,本研究为深入了解不同区域微生物群落的代谢差异提供了重要参考,并有助于更好的理解肠道菌群结构与功能之间的...
通过宏基因组分析两组粪便、龈下菌斑样本。肠道微生物组中,PPT饮食组受试者肠道微生物组丰富度和细胞脱落数量显著增加,而MED饮食组仅显著增加肠道微生物组多样性,PPT饮食组有19种肠道微生物组的相对丰度显著增加,MED饮食组仅有4种;口腔微生物组中,研究员通过对微生物组丰富度、多样性和人细胞脱落的大量数据检测,...