通过使用反应功能,COMSOL® 软件自动为参与定义反应的代谢物创建物种节点。这意味着代谢物的平衡方程是自动生成的。 例如,为了定义方程1,我们使用反应工程接口的内置浓度变量 re.c_S1 和 re.c_A3,分别用于代谢物S_1和A_3,k1 是参数节点中的定义参数,f_A3 是方程2在变量节点中定义的变量。 使用工具栏中反应...
代谢反应是生物体内发生的化学反应,将一个物质转化为另一种物质。生物体的代谢反应网络由许多不同的反应组成,这些反应可以分为两大类:合成(anabolism)和分解(catabolism)。 合成反应是将小分子合成为较大的分子的过程。这些较大的分子可以是蛋白质、脂类或碳水化合物等。这些反应需要能量输入,通常由ATP提供。 分解反...
此外,糖酵解产生的代谢中间产物被用于其他代谢途径,例如,合成细胞材料的结构单元,如脂肪酸或氨基酸。 考虑到这一点,很明显,糖酵解代谢途径与其他代谢途径相互关联,形成一个庞大的代谢反应网络。复杂的反应方案会产生非线性的系统动力学。 众所周知,在某些条件下,酵母的糖酵解代谢途径的代谢化合物的浓度会发生波动。
前面我们提到过反映对两端的代谢物结构是相似的。同时,反应的存在对结构相似的代谢物做了进一步限制。在自建库、METLIN库和NIST库中在代谢物反应网络MRN中相邻的代谢物(即属于同一反应对RP)的二级谱图相似性大于等于0.5的数量超过了50%。 图3 MRN相邻代谢物RP二级谱图相似1 图4 MRN相邻代谢物RP二级谱图相似2 递...
基于该原理,MetDNA算法利用样本中已经鉴定出的代谢物作为种子,进一步鉴定其在代谢网络中邻近的代谢物。此原理可以迭代应用在新的鉴定出来的代谢物上,从而使MetDNA可以沿着代谢反应网络进行代谢物的循环鉴定和递归运算,直到不再能够鉴定出新的邻近代谢物,大大扩展了鉴定到的代谢物的数目。该算法的最大特点是可以通过代谢...
在该论文中,研究人员开发了一种基于代谢反应网络的全新代谢物结构鉴定算法MetDNA(Metabolite identification and Dysregulated Network Analysis)。 在细胞代谢中,一个代谢物可以通过酶催化反应转变为另外一种代谢物。处在同一个代谢反应中且结构类似的两个代谢物可定义为一个反应对(reaction pair,RP)和反应对...
基于该原理,MetDNA算法利用样本中已经鉴定出的代谢物作为种子,进一步鉴定其在代谢网络中邻近的代谢物。此原理可以迭代应用在新的鉴定出来的代谢物上,从而使MetDNA可以沿着代谢反应网络进行代谢物的循环鉴定和递归运算,直到不再能够鉴定出新的邻近代谢物,大大扩展了鉴定到的代谢物的数目。该算法的最大特点是可以通过代谢...
基于该原理,MetDNA算法利用样本中已经鉴定出的代谢物作为种子,进一步鉴定其在代谢网络中邻近的代谢物。此原理可以迭代应用在新的鉴定出来的代谢物上,从而使MetDNA可以沿着代谢反应网络进行代谢物的循环鉴定和递归运算,直到不再能够鉴定出新的邻近代谢物,大大扩展了鉴定到的代谢物的数目。该算法的最大特点是可以通过代谢...
1.excel中代谢物简化 【注意】以下过程为vba编程 1.1 excel格式模板 1.2 vba代码 替换结束后,手动将反应简写列和反应式列粘贴至Sheet3 2. 化合...
代谢反应网络1. In this paper,data envelopment analysis(DEA) was applied to the metabolic reaction networks. 本文将DEA方法应用于具有同一调控结构的代谢反应网络,预测代谢物浓度。更多例句>> 2) metabolic network 代谢网络 1. Effects of CAT gene knockout on DCA13 metabolic network of Candida ...