save 1ywt.fasta 仅提取该蛋白质结构的特定chain的序列 save 1ywt.fasta, chain A 方法(2)使用网页在线数据库的方法 https://swift.cmbi.umcn.nl/servers/html/soupir.html 简单两步,就可以得到如下的结果
简介:Python生物信息学②从PDB文件中提取蛋白序列 环境 OS version : Win10 x64python_version : Python 3.6.5 实例代码 aa_codes = {'ALA':'A', 'CYS':'C', 'ASP':'D', 'GLU':'E','PHE':'F', 'GLY':'G', 'HIS':'H', 'LYS':'K','ILE':'I', 'LEU':'L', 'MET':'M', 'AS...
你是想把蛋白的序列提取出来是吗，可以用perl写个脚本，先一个一个的打开pdb文件，然后读出以SEQRES开头的行，并写入到一个新的文件中。
从pdb文件中提取蛋白质序列 方法(1)使用pymol的方法 pymol的下载安装使用方法在教程已经叙述过了 提取该蛋白质结构的所有序列 save 1ywt.fasta 仅提取该蛋白质结构的特定chain的序列 save 1ywt.fasta, chain A 方法(2)使用网页在线数据库的方法 https://swift.cmbi.umcn.nl/servers/html/soupir.html 简单两步...