可以输入要抽取的比例或 reads 条数。 seqtk sample -s100 read1.fq 10000 > sub1.fq seqtk sample -s100 read2.fq 10000 > sub2.fq 扩展 seqtk 是一个很强大的 fastq 和 fasta 文件处理工具,堪称瑞士军刀,功能包括:文件切分、合并、格式转换、随机抽样、提取子序列、重命名等。 $ seqtk Usage: seqtk ...
很简单的一个shell脚本,从UCSC里面单独下载X,Y染色体的fasta序列,写脚本从Y染色体序列里面模拟双端测序的fastqa文件,然后用bwa软件比对到X染色体,作为参考基因组。 全部代码如下: mkdir-p~/tmp/chrX_Y/hg19/ cd~/tmp/chrX_Y/hg19/ #conda install -c bioconda bwa #conda install -c bioconda samtools wget h...
很简单的一个shell脚本,从UCSC里面单独下载X,Y染色体的fasta序列,写脚本从Y染色体序列里面模拟双端测序的fastqa文件,然后用bwa软件比对到X染色体,作为参考基因组。 全部代码如下: mkdir-p~/tmp/chrX_Y/hg19/ cd~/tmp/chrX_Y/hg19/ #conda install -c bioconda bwa #conda install -c bioconda samtools wget h...
如果使用samplesheet文件(见下图,一般不用),需要准备的信息就多一些了,比如调整Reads中的序列长度,而使用简化版的csv文件,cell ranger可以识别所用试剂盒版本,然后自动化的调整reads长度。 拆分好之后的目录结构如下所示 ├── fastq_path │ ├── H35KCBCXY │ │ └── test_sample │ │ ├── test_s...
各OTU的代表序列(.fasta) 物种注释信息 物种进化树 各样本的多样性指数:α-diversity的input 距离矩阵:β-diversity的input 分析内容 物种构成及优势物种 α-diversity β-diversity biomarker 功能分析:PICRUSt input文件介绍 OTU(Operational taxonomic unit),操作分类单元 ...
生成hg38.fasta.fai 文件 $ samtools faidx hg38.fa 生成参考基因组的dict⽂件 $ picard CreateSequenceDictionary R=/data/all_data/ref/hg38/hg38.fa O=hg38.dict 文件需要与参考基因组hg38.fa放在同一目录下 gatk4参考文件准备 gatk4参考文件下载:console.cloud.google.com #下载下来的其实是.gz文件,后...
Cell Ranger进一步将外显子reads与参考转录本比对,寻找兼容性。注释到单个基因信息的reads认为是一个特异的转录本,只有注释到转录本的reads才用于UMI计数。 参考基因组目录结构 (mkref生成,也可直接从官网下载): ├── fasta │ └── genome.fa ├── genes ...
$ grep 'anything' XXXX.fasta 基本用法,在XXXX.fast文件中找anything,会把包含有anything这一行的内容都显示出来。也可以附上多个文件,Output中会表明找出的anything是在哪个文件中的$ grep -n 'anything' XXXX.fasta 可以显示出anything在文件中的第几行,并且把这些行都print出来$ grep -c 'anything' XXXX....
很简单的一个shell脚本,从UCSC里面单独下载X,Y染色体的fasta序列,写脚本从Y染色体序列里面模拟双端测序的fastqa文件,然后用bwa软件比对到X染色体,作为参考基因组。 全部代码如下: mkdir-p~/tmp/chrX_Y/hg19/ cd~/tmp/chrX_Y/hg19/ #conda install -c bioconda bwa ...
各OTU的代表序列(.fasta) 物种注释信息 物种进化树 各样本的多样性指数:α-diversity的input 距离矩阵:β-diversity的input 分析内容 物种构成及优势物种 α-diversity β-diversity biomarker 功能分析:PICRUSt input文件介绍 OTU(Operational taxonomic unit),操作分类单元 ...