在这项最新研究中,David Baker教授团队联合Carolyn Bertozzi教授团队,利用他们之前开发的蛋白质从头设计工具Rosetta,设计了一种新型蛋白质——EndoTag(endocytosis-triggering binding protein),克服了上述靶向蛋白质降解技术的挑战,使用更简单的成...
2024年4月4号,在Science正刊发表了一篇“使用结构生物信息学驱动的从头设计高亲和力药物结合的蛋白”的文章。 总结:[1] 该文章虽然是对小分子药物从头设计特异性强的蛋白,其实工具还是使用已有的rosetta或者AF2,真正起关键作用的是开发的基于物理相互作用的方法。[2] MD方法在在深入分析设计蛋白质与小分子的构象方面...
尽管近年来蛋白质的从头设计有很大发展,但是对于蛋白质从头设计的新手来说,这仍然是一个非常困难的挑战,因为一个新的蛋白质结构的设计需要专业的知识和丰富的创造力与直觉,这是电脑不能完全实现的。 值得庆幸的是, David Baker团队通过优化Fold...
因为他们从头设计出的这个蛋白质虽然折叠成了研究人员们想要它折叠的模样,但不具有任何功能。 7年后,大卫的一名博士后研究员做出了改进。他将抗体的一部分连接到了人造蛋白上,使人造蛋白首度具有了功能:新合成的蛋白能识别流感病毒,有望成为一种新的药物,但这多少有些“作弊”的意思,毕竟最重要的那部分来自天然的抗...
经过训练的语言模型直接化身「造物主」,可以设计、生成蛋白质,生命的终极奥秘要被人工智能发现了吗? AI在生物医学领域再次获得新进展。没错,这次还和蛋白质有关。 不同的是,过去的AI是发现蛋白质结构,这回开始自己设计和生成蛋白质结构了。如果说过去是「检察官」,现在说是进化成了「造物主」也不是不行。 参与...
通过从头开始构建蛋白质，研究人员可以剖析在自然进化系统中可能难以厘清的复杂功能机制，如构象转换或异位控制。此外，全新设计的蛋白质还为研究细胞和生物体功能的定量决定因素提供了一个平台，从而能够精确控制影响高阶生物过程的分子特性。图 2 蛋白质设计概念和方法 全新蛋白质结构设计的前沿 在控制蛋白质几何结构方面...
值得庆幸的是, David Baker团队通过优化Foldit的蛋白设计程序,使得即使非专业领域的研究人员也可以精确地从头开始设计全新的蛋白质结构,让蛋白质从头设计得到更广泛的运用,该项目成果于2019年6月6日发表在Nature杂志上,论文题目为De novo protein design by citizen scientists。
CIPHR 门的系统化设计利用了从头开始的蛋白质设计，创造出了多功能的功能逻辑电路，可以与各种蛋白质致动域连接，在不同的环境中提供了潜在的应用。这项研究强调了从头蛋白质设计与 nMS 等实验技术之间的协同作用，并展示了从头蛋白质设计接近天然蛋白质组装复杂性的能力。CIPHR 门为多功能信号处理和蛋白质-蛋白质...
总而言之,这项发表于Nature的研究表明,AI从头设计的蛋白质可以生成可变构触发的递送系统、蛋白质纳米机器和细胞反馈控制电路,超越了此前简单的蛋白质组装和拆卸,为工程蛋白质的变构控制功能铺平了道路。 David Baker团队的下一步计划是确定AI从头设计的蛋白是否能够与小分子形成相互作用并准确地催化反应,这对整个领域...
近日，华盛顿大学 David Baker 团队，设计出了能够通过变构控制，可靠而准确地在组装和拆卸之间转换的蛋白质。研究人员利用 AI 设计自然界中不存在的新蛋白质，设计了多种动态蛋白质排列。David Baker 说：「通过设计，可以根据命令组装和拆卸的蛋白质，我们为未来可能与自然界的复杂性相媲美的生物技术铺平了道路。」...