Clusters菜单,是将PPI网络进行聚类,点击APPLY。 我们可以看到,通过聚类后,蛋白通过聚类形成不同颜色的成簇分布的蛋白互作网络图。 如果我们想要在Cytoscape软件中调整网络图,直接点击“Exports”选项,下载TSV格式的文件保存。 保存好的TSV格式文件是Cytoscape软件数据的输入方式之一,当我们在STRING网站
输入差异表达基因列表，选择物种和背景基因集，默认有多种数据集，包括GO、KEGG、REACTOME、WIKIPATHWAY等。可以设置阈值，只显示p<=0.05的term。点击运行。下方为GO富集结果，可以勾选展示不同的term，导出富集结果。最后再对网络图稍微调整即可。另外也可以使用CluePedia插件展示富集结果，显示通路中的基因。安装地址：...
下方为GO富集结果,可以勾选展示不同的term,导出富集结果。最后再对网络图稍微调整即可。 另外也可以使用CluePedia插件展示富集结果,显示通路中的基因。 安装地址:https://apps.cytoscape.org/apps/cluepedia 如果点击install安装失败,可以下载CluePedia的jar文件,在cytoscape中离线安装。 可以改变网络的展示形式,展示显著基因...
在拿到下机数据进行生信分析时,我们往往会筛选差异基因后进行蛋白互作分析,以及差异基因富集分析去寻找感兴趣的通路等。这里给大家介绍一款开源网络可视化和分析的工具:Cytoscape。本文将实际操作Cytoscape绘制ppi互作网络的过程,以及ClueGO和CluePedia插件富集分析,帮
说起互作网络图,大家都不陌生。看文献的时候,经常看见相互作用网络图展示了circRNA-miRNA的靶向关系或者ceRNA竞争性网络关系。我们先来看几个图: CircRNA-miRNA network maps the interaction relationship between circRNAs and miRNAs[1] miRNA-ceRNA network. Upregulated circRNAs/miRNAs ceRNA network.[2] ...
Cytoscape是一款使用很广泛的网络图绘制美化软件,是现在组学数据后期处理不可或缺的好用工具,今天小图就给大家详细介绍下Cytoscape的图片美化操作。 我们马上开始学起来~ 一、数据准备 首先,你得先下载Cytoscape (1)导入STRING互作分析结果数据“string_interactions_short.tsv”,数据中node1与node2为一对节点,combined_...
3)在Analysis模块中,可以查看蛋白互作网络图的一些信息,如节点(node)和相互作用关系(edge)的数量,节点degree的平均得分,富集分析的P值以及GO(BP,CC,MF),KEGG Pathway和结构域等功能分析结果。 4)在Export模块中,可以导出蛋白互作网图的图片(PNG/SVG),文本文件(TSV,可以导入...
STRING网站+Cytoscape软件制作精美蛋白互作网络图(PPI) 之前小编为大家推送了利用DAVID网站进行差异基因的GO和KEGG分析,而基因功能注释后就可以寻找蛋白表达之间的关系了,在生信分析中,常常会使用STRING网站+Cytoscape软件来制作蛋白互作网络图(PPI)。今天小编奉上一部PPI制作教程,让我们一起细细咀嚼吧!
说起互作网络图,大家都不陌生。看文献的时候,经常看见相互作用网络图展示了circRNA-miRNA的靶向关系或者ceRNA竞争性网络关系。我们先来看几个图: CircRNA-miRNA network maps the interaction relationship between circRNAs and miRNAs[1] miRNA-ceRNA network. Upregulated circRNAs/miRNAs ceRNA network.[2] ...
蛋白互作(PPI)网络图 https://mp.weixin.qq.com/s/O9SeQRurWxQ-5ByvhgBMDA 标签: 生信分析 好文要顶 关注我 收藏该文 微信分享 殷素 粉丝- 0 关注- 1 +加关注 0 0 升级成为会员 « 上一篇: WGCNA加权基因共表达网络分析 » 下一篇: 使用git命令行上传项目到GitHub ...