16S rRNA ONT 测序:按照制造商建议,使用 16S Barcoding Kit 1 - 24 或 16S Barcoding Kit 24 V14 进行文库制备,分别用 FLO-MIN111(v.R10.3)或 R10.4.1 流动池在 GridION 测序仪上测序,用 MinKNOW(v.21.11.7)平台和 Guppy v.5.1.13 进行高精度碱基识别和标准过滤,测序运行
全长16S / 18S二代测序 ◈产品介绍 基于二代测序技术手段,进行基因组组装和基本分析,获得高质量基因组序列。为该物种的后基因组学研究奠定基础。 简单基因组: CONTIG N50≥200KB,复杂基因组(小于2G):contig N50≥100Kb。 简单基因组6个月,复杂基因组视根据具体情况而定。 ◈分析内容 标准信息分析 ①下机数...
2 DNA提取与质量检测:批量提取、检测样本细菌DNA 3 16S V3-V4区扩增:利用特异性引物,对16S rRNA基因V3-V4区进行PCR扩增。 4 文库构建与质控:对PCR产物纯化后连接测序接头,构建测序文库,检测文库的插入片段大小和浓度。 5 高通量测序:采用二代测序平台,对构建好的文库进行深度测序,获取测序数据。 6 生信分析:对...
扩增子测序是对特定长度的PCR产物或捕获的片段进行测序,分析序列中的变异。 16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA,选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的目标区域, 通过检测目标区域的序列变异和丰度,以研究环境微生物多样性及群落组成差异。 16S/18S rDNA为编码原/真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。
Greengenes、Silva和RDP等数据库为基于16S序列的物种注释提供了全面的分类信息。 二、全长16S扩增子测序的优势 与二代短读长测序技术相比,PacBio长读长测序技术具有许多明显优势,这些优势为基于16S序列的物种注释提供了更准确和全面的信息。 长读长 二代测序读长仅为几百bp,而PacBio测序读长可达几十甚至上百kb。
👍 结论:16S测序更适合科研大数据分析,对个人微生物的精确分析稍显不足。 【宏基因组测序:科技前沿解析】 👍 宏基因组测序直接从样品中提取全部微生物DNA,无需培养直接测序,探索未知功能基因和活性代谢产物。 👍 它的优势包括: 覆盖面广:一次性检测超过1万种微生物,减少漏检机会。
基于二代测序的16SrDNA分析实验
上海交通大学018届博士学位论文16SrRNA基因二代测序中的测序深度与测序错误对微生物群落多样性分析的影响0110809050二零一八年六月
肺泡灌洗液进行16S rRNA V3-V4基因测序 1.OTU聚类和分析 2.α-多样性 3.β-多样性 4. LEfSe分析 三、研究结果 1、MPP患儿呼吸道微生物群分析 MPP组的Shannon指数和Simpson指数均低于对照组,两组间β多样性差异显著。在对照组中,厚壁菌门和变形菌门是最占优势的门,分别占总序列的47.95%和32.5%,而在MPP组...
回答者:网友 16s测序主要为了鉴定菌种李历,通常在做鉴定的时候区分标准是97%,区分亚种和菌株的时候相似度更高。普通TAQ酶的复制错误率较高,可能在扩增过程中引入错误,这些错配可能导致相似度下降从而分类错误。一般我们不建议使用普通TAQ酶进行扩增,都选择高保真酶。我...