二代重测序,其实就是第二代测序技术啦,又称下一代测序技术(NGS),它能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,可对一个物种的基因组和转录组进行深入、细致、全貌的分析。这项技术可是分子诊断领域的一项重要分支,对疾病的预防、预测、诊断、治疗和预后都有重要意义呢!
动植物全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行基因组测序,并在此基础上完成个体或群体分析。相比传统二代重测序,Nanopore+NGS的组合能够全面挖掘全基因组范围内的变异信息,除了可以获得基因表达区的信息,还能获得内含子、基因间区域的信息,SNP、CNV、InDel、SV等变异信息以及样品基因组中大片段的结构变异和基因组...
涉及主要技术:全基因组重测序(二代+三代)、Hi-C、ChIP-seq、RNA-seq 1.高质量萝卜基因组的组装 k-mer分析表明,NAU-LB基因组是高度纯合的,杂合度为0.14%,适合于提高基因组组装的质量。通过PacBio RSII平台共生成了54.01 Gb的reads(N50长度为18.06 Kb),对514.57 Mb基因组的覆盖深度为104.96 x。然后,用Illum...
靶向重测序即将一组基因或基因组区域分离出来并对其进行测序。使用二代测序(NGS)的靶向方法让研究人员能够将时间、费用和数据分析集中在感兴趣的特定区域。这种靶向分析包括外显子组(基因组的蛋白质编码部分)、感兴趣的特定基因、以及基因或线粒体DNA中的目标区域。
二代重测序技术的出现为转座子注释提供了更为高效和准确的手段。通过对不同组织、不同生理状态下的基因组进行二代重测序,科学家们能够更全面地了解转座子的分布、活性和功能。在注释过程中,他们可以利用大数据分析技术,对转座子进行定位、分类和功能预测,从而揭示转座子与基因组稳定性、表观遗传调控、进化等方面的...
对于公共测序数据的分析,好多二代测序的数据都储存在[[GEO数据库介绍]]以及 SRA 这样的平台。之前介绍过的[[ARCHS4-公共二代测序数据下载数据库]]就是把 GEO 的很多[[RNA-seq]]的数据进行了统一重新分析最后组合成一个大型数据集。除了 ARCHS4 之外还有其他的...
测序反应通用试剂是在特定二代基因测序平台使用,实现测序反应光电信号采集、获取文库样本序列信息的试剂。 适配的特定二代基因测序平台包括可逆末端终止测序法、联合探针锚定聚合测序法、半导体测序法、焦磷酸测序法、荧光发生测序法等,不适用于全基...
Digital | 大型二代测序重分析数据集 对于公共测序数据的分析,好多二代测序的数据都储存在[[GEO数据库介绍]]以及 SRA 这样的平台。之前介绍过的[[ARCHS4-公共二代测序数据下载数据库]]就是把 GEO 的很多[[RNA-seq]]的数据进行了统一重新分析最后组合成一个大型数据集。除了 ARCHS4 之外还有其他的大型数据集...
Digital大型二代测序重分析数据集 对于公共测序数据的分析,好多二代测序的数据都储存在 [[GEO数据库介绍]] 以及 SRA 这样的平台。之前介绍过的 [[ARCHS4-公共二代测序数据下载数据库]] 就是把 GEO 的很多 [[RNA-seq]] 的数据进行了统一重新分析最后组合成一个大型数据集。除了 ARCHS4 之外还有其他的大型数据...
二代测序(Next-generation sequencing,NGS)又称为高通量测序(High-throughput sequencing),是基于PCR和基因芯片发展而来的DNA测序技术。一代测序为合成终止测序,而二代测序开创性的引入了可逆终止末端,从而实现边合成边测序(Sequencing by Synthesis)。二代测序在DNA复制过程中通过捕捉新添加的碱基所携带的特殊标记(一般为...