基因帮专题第11期-基因家族鉴定发布于 2021-10-03 23:50 · 6932 次播放 赞同2添加评论 分享收藏喜欢 举报 基因基因组华大基因基因决定论 写下你的评论... 暂无评论相关推荐 3:30 中西方文化内涵层次的区别,西方文化为己,中方文化为他 太虚随谈 · 300 次播放 10:12 特种兵王...
除了使用隐马可夫模型和hmmer搜索的方法外,使用同源比对blast的方法也是鉴定基因家族的其中一种方法。 首先我去了NCBI下载所有植物的存在于Ref-seq(一般认为是比较置信的植物基因序列)中的NBS序列 makeblastdb-inref.nbs.plant.fa-dbtype prot cat blastp.out|awk'$3>75'|cut-f1|sort-u>blastp_result_id.list...
可参考收录了基因家族特征的网站,如TAIR (拟南芥作为一个模式植物所被研究的基因家族,https://www.arabidopsis.org/)或PlantTFdb(主要针对转录因子,http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/),并进行预测和总结。 查找相关文献 并不是所有的基因家族都被收录到网站中,在这种情况下,我们可以通过查找与该基因家族的文献进...
因此通过生物信息学手段对马铃薯StAQP基因家族进行鉴定和分析,进一步结合转录组数据以及RT-qPCR验证,来揭示水通道蛋白在马铃薯生长发育中的关键作用。 本研究共鉴定筛选出44个StAQPs基因,其中包括16个StPIPs,11个StTIPs,10个NIPs,5个XIPs和2个SIPs...
近日,《生物技术通报》在线发表了题为《谷子AP基因家族鉴定及其对非生物胁迫的响应分析》的研究报告。本研究通过对谷子AP基因家族成员的鉴定和结构分析,结合其组织表达模式及SA诱导下与响应干旱(PEG胁迫)和低温(4℃)胁迫的表达模式分析,以...
木薯镁离子转运蛋白家族基因的鉴定及生物信息学分析 谭博文,张懿,张鹏,王振宇,马秋香 镁是植物生长发育过程中必需的营养元素之一,其代谢直接影响植物的光合作用。镁离子也是数百种生理代谢酶的激活剂,参与植物的新陈代谢过程,并在碳水化合物和脂质等大分子的代谢过程中发挥重要作用,同时在植物的抗逆性方具有重要意义。
在鉴定基因家族时,常用到的工具是hmmsearch,里面常用的算法有三种。一般我们使用--cut_tc算法对隐马可夫模型进行搜索,tc算法是使用pfam提供的hmm文件中trusted cutoof的值进行筛选,相对比较可靠。 --cut_ga : use profile's GA gathering cutoffs to set all thresholding ...
木薯镁离子转运蛋白家族基因的鉴定及生物信息学分析 谭博文,张懿,张鹏,王振宇,马秋香 镁是植物生长发育过程中必需的营养元素之一,其代谢直接影响植物的光合作用。镁离子也是数百种生理代谢酶的激活剂,参与植物的新陈代谢过程,并在碳水化合物和脂质等大分子的代谢过程中发挥重要作用,同时在植物的抗逆性方具有重要意义。
本研究鉴定出58个谷子AP家族成员,不均匀地分布在谷子的9条染色体上,编码非典型天冬氨酸蛋白酶和类nucellin型天冬氨酸蛋白酶。SiAPs家族成员含有大量激素和逆境胁迫响应相关元件,通过RT-qPCR分析发现,AP家族基因在水杨酸诱导和干旱胁迫时基因表达的变化趋势基本一致,在低温胁迫下差异表达,这些基因可能在非生物胁迫中发挥...
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