在鉴定基因家族时,常用到的工具是hmmsearch,里面常用的算法有三种。一般我们使用--cut_tc算法对隐马可夫模型进行搜索,tc算法是使用pfam提供的hmm文件中trusted cutoof的值进行筛选,相对比较可靠。 --cut_ga:useprofile'sGA gathering cutoffs to set all thresholding--cut_nc:useprofile'sNC noise cutoffs to set...
可参考收录了基因家族特征的网站,如TAIR (拟南芥作为一个模式植物所被研究的基因家族,https://www.arabidopsis.org/)或PlantTFdb(主要针对转录因子,http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/),并进行预测和总结。 查找相关文献 并不是所有的基因家族都被收录到网站中,在这种情况下,我们可以通过查找与该基因家族的文献进...
因此通过生物信息学手段对马铃薯StAQP基因家族进行鉴定和分析,进一步结合转录组数据以及RT-qPCR验证,来揭示水通道蛋白在马铃薯生长发育中的关键作用。 本研究共鉴定筛选出44个StAQPs基因,其中包括16个StPIPs,11个StTIPs,10个NIPs,5个XIPs和2个SIPs...
本研究在谷子全基因组中鉴定并筛选到58个SiAPs成员,根据AP家族成员的蛋白结构将其分为非典型天冬氨酸蛋白酶(B类)和类nucellin型天冬氨酸蛋白酶(C类)两大类,根据其结构域细分为B、C1、C3、C4、CX,与拟南芥、水稻不同的是SiAPs中没有编码含有PSI特异性插入片段的典型天冬氨酸蛋白酶(A类),推测谷子AP基因家族A...
木薯镁离子转运蛋白家族基因的鉴定及生物信息学分析 谭博文,张懿,张鹏,王振宇,马秋香 镁是植物生长发育过程中必需的营养元素之一,其代谢直接影响植物的光合作用。镁离子也是数百种生理代谢酶的激活剂,参与植物的新陈代谢过程,并在碳水化合物和脂质等大分子的代谢过程中发挥重要作用,同时在植物的抗逆性方具有重要意义。
在鉴定基因家族时,常用到的工具是hmmsearch,里面常用的算法有三种。一般我们使用--cut_tc算法对隐马可夫模型进行搜索,tc算法是使用pfam提供的hmm文件中trusted cutoof的值进行筛选,相对比较可靠。 --cut_ga : use profile's GA gathering cutoffs to set all thresholding ...
近日,《生物技术通报》在线发表了题为《谷子AP基因家族鉴定及其对非生物胁迫的响应分析》的研究报告。本研究通过对谷子AP基因家族成员的鉴定和结构分析,结合其组织表达模式及SA诱导下与响应干旱(PEG胁迫)和低温(4℃)胁迫的表达模式分析,以...
马铃薯AQP基因家族鉴定及表达分析 满全财,孟姿诺,李伟,蔡心汝,苏润东,付长青,高顺娟,崔江慧 干旱、土壤盐渍化、高温和寒冷等非生物胁迫是影响作物生产的主要限制因素。研究植物对干旱和盐胁迫等非生物胁迫的响应,对于促进农业生产具有重要意义。 马铃薯在世界范围内广泛种植。但因其浅根系的特点,在栽培过程中极易受到...
木薯镁离子转运蛋白家族基因的鉴定及生物信息学分析 谭博文,张懿,张鹏,王振宇,马秋香 镁是植物生长发育过程中必需的营养元素之一,其代谢直接影响植物的光合作用。镁离子也是数百种生理代谢酶的激活剂,参与植物的新陈代谢过程,并在碳水化合物和脂质等大分子的代谢过程中发挥重要作用,同时在植物的抗逆性方具有重要意义。
本研究中木薯MeMGTs基因家族中有12个成员含有GMN三肽基序,只有MeMGT9;3的GMN突变为GVN,其对Mg2+转运的能力影响有待进一步验证。通过对MeMGT家族蛋白的一级结构分析,鉴定出18个保守的motif,其中有5个motif 在所有的成员中均存在,推测...