从图上看,温度很低时,分子基本都处于能量最低的构象,在0 K时100%处于这种构象。由于几种构象能量差异并不大,在室温级别下其它构象所占比例就已经不可忽视了。当温度无穷高,能量差异已经显不出来了,各种构象所占比例就相等了。不过实际上这图并没有什么物理意义,首先,在计算时忽视了不同温度下各构象自由能的变...
我做完固定MD后（1ns）想从出来的trr文件中提取不同的构象（不同时间段的构象）来做后面的不固定MD...
你这种目的情况，是基于分子力场得到两个构象的真空下的内能之差（由于温度相同、动能相同，故等于力场下...
中默认情况下显示的是打分最高的分子的构象，但是Cscore得分却很低，所以想换成Cscore较高的构象进行...
Sob老师在 《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=...
细胞色素P450 2E1酶 分子动力学模拟 结合自由能计算细胞色素P450(CYP)2E1家族酶是一种具有双重功能的单加氧酶,能够参与市场上6%药物的代谢而具有重要的作用.这类酶与酒精的消耗、糖尿病、肥胖症以及厌食症等密切相关,引起了广泛的研究兴趣.目前尚未见从原子水平上对这种酶在不同乙醇浓度下构象行为的研究.基于此,...
分子动力学模拟结合自由能计算细胞色素P450(CYP)2E1家族酶是一种具有双重功能的单加氧酶,能够参与市场上6%药物的代谢而具有重要的作用.这类酶与酒精的消耗、糖尿病、肥胖症以及厌食症等密切相关,引起了广泛的研究兴趣.目前尚未见从原子水平上对这种酶在不同乙醇浓度下构象行为的研究.基于此,本文研究了花生四烯酸(...
分子动力学模拟结合自由能计算研究快报(Letters) Cytochrome P450(CYP) 2E1 enzymeMolecular dynamics(MD) simulationBinding free energy cal-culation细胞色素P450(CYP)2E1家族酶是一种具有双重功能的单加氧酶,能够参与市场上6%药物的代谢而具有重要的作用。这类酶与酒精的消耗、糖尿病、肥胖症以及厌食症等密切相关,...
细胞色素P4502E1酶分子动力学模拟结合自由能计算细胞色素P450(CYP)2E1家族酶是一种具有双重功能的单加氧酶,能够参与市场上6%药物的代谢而具有重要的作用.这类酶与酒精的消耗,糖尿病,肥胖症以及厌食症等密切相关,引起了广泛的研究兴趣.目前尚未见从原子水平上对这种酶在不同乙醇浓度下构象行为的研究.基于此,本文研究...