SRA 数据库: 为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的原始数据,来自四个测序平台,分别为:Roche_LS454,Illumina,ABI_SOLID和HELICOS。从事生物信息分析的老师和同学一般… 生信狗的修...发表于生信常规分... 下载NCBI SRA数据的最佳方法 高通量的原始数据通常情况下会上传到NCBI的
Sratoolkit:从NCBI下载原始数据 苏祈 执笔绘星,唯爱常存 目录 收起 1.下载 2.使用 3.参数 4.参考 网址:Index of /sra/sdk 1.下载 我下载的是3.0.7版本 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz #wget下载太慢了,我直接下载到本地...
而实际上,SRA数据库内有一些已发表的CNS文章的原始数据还有非常大的潜力等待被挖掘,如果研究人员只做了编码基因,则可以研究非编码基因,探究DNA调控元件;如果数据测序深度很深,则可以研究反式剪切,挖掘潜在的环状RNA;甚至可以拿原始测序数据从头分析,探寻新的基因。结...
从GEO下载测序原始数据,一般会选择用prefetch下载SRA文件然后用fastq-dump转为fastq文件,或者直接去ENA网站(https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home)直接下载fastq文件,或者使用SRA Explorer(https://sra-explorer.info/#)给的脚本去下载。大部分的数据下载都可以通过上面的方法解决。 最近想下载单细胞scATAC-seq数...
进入sratoolkit中bin文件夹:输入 cd/Users/apple/Desktop/sratoolkit.2.9.6-1-mac64/bin./vdb-config -i 按上下键移动,到Change,回车后选择对应的目录『该目录必须为空』,移动到Save回车后,移动到Exit回车 7.开始下载原始数据 打开终端 输入 forsamplein$(cat /Volumes/RNAseq/SRP119720/SRR_Acc_List.txt)...
我尝试了其他几个ftp站点,也找不到sra-instant地址。 3.使用prefetch搭配aspera 退而求其次的方法,就是用prefetch。但需要注意prefetch和aspera的版本,最新版本的prefetch用不了aspera。 我这里安装sratools 2.9.6 ,可以源码下载,解压即可(已编译)。也可以用conda指定版本: ...
下载 prefetch SRR10193119 1. image.png 默认是保存在 ncbi 文件夹下 这样是sra格式的数据,还需要借助 fasterq-dump转换成 fastq fasterq-dump --split-files SRR10193119.sra 1. image.png 下载的时候也可以指定数据类型 prefetch --type fastq -O ./ SRR8502595 1. 但是好像不管用,还是sra格式的数据 -...
找到并进入sratoolkit所在目中的bin文件夹:输入 ./vdb-config -i ,会出现如下的界面: image.png 按上下键移动,到Change,回车后选择对应的目录『该目录必须为空』,移动到Save回车后,移动到Exit回车 二、SRA数据的下载 如果下载单个样品的SRA,可以在NCBI上先找到SRA 的ID,如在NCBI上找到的Oreocharis longifoliaID为...
下载NCBI数据,使用ascp命令是最快的,但是小编之前尝试用该命令下载SRA数据,查阅了百度上的各种参数,最后还是没有成功,可能是有个“墙”存在的原因,小编后来有一段时间使用迅雷下载,但是迅雷找SRA链接太费劲。 后来使用NCBI开发的SRA处理工具sratoolkit,有SRA号就能直接下载,用起来比较方便。在中国,白天下载比较慢,晚上...
自己补充概括三点:1. 下载Accession List ; 2.下载RunInfo Table,里面记录了样品信息、建库信息、测序信息、数据信息; 3. 将SRA数据变成 fastq数据,fastq-dump 命令,注意是单端还是双端测序。 fastq-dump -I --split-files SRR390728 Produces two fastq files (--split-files) containing ".1" and ".2" ...