GEO:Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据,这里可以上传处理后的数据,如count和TPM,FPKM等 BioProject & BioSample:这是NCBI的核心组织架构,一篇文章就是一个BioProject,一个project里可以包含多个BioSample 推荐:在上传所有数据前,...
1.注册及登录账号 1)注册账号:进入https://www.ncbi.nlm.nih.gov/网页,找到页面右上角Sign in ,进入页面后,点击页面中的Sign up,根据自己喜好,选择对应的账号进行注册,按照提示填写账号、密码、邮箱等信息。 2)登录账号:输入账号及密码(注册时使用哪种账号注册,登录时选择对应的登录通道登录),点击Log in,然后...
📝准备好上传你的RNA-seq原始数据到NCBI了吗?跟着以下步骤操作吧!1️⃣ 返回My submissions界面,选择BioProject,开始你的新提交之旅。2️⃣ 点击蓝色按钮"New submission",填写你的基本信息,如姓名、邮箱(记得以单位后缀结尾哦)、学校学院、单位地址等。3️⃣ 选择你的项目数据类型和样品类型,...
做单细胞转录组测序的原始数据,一般都是上传到NCBI的GEO数据库的。 GEO数据库长这个样子: 拉到下面可以看到sample和project,是存放原始数据(fastq测序文件)所在。 但原始测序数据一般比较大,特别是scRNAseq,一个样本的双端测序数据文件压缩后至少50G起。另外就是拿到原始测序数据,需要跑cellranger比对, 一方面不是所有...
上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库 | 单细胞RNA数据上传 SRA- NCBI example- NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T)。 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空...
请问各位大神，为什么我上传数据submitter选的group，组内有6个人，但到最后第8步时submitter只显示了我一...
网上关于GEO数据库的上传教程良莠不齐,推荐使用下面的方法快速上传自己的数据到GEO。 第一步 向GEO提交联系信息 正常登录NCBI,如果是首次进入GEO,页面会出现两个选项,如下图: 对于之前从未上传数据到GEO的同学,请选择第二个选项。 按照要求填写相应的信息,包括注册人员信息和上传者信息,其中最重要的是邮箱信息。填写...
RNA-seq数据上传GEORNA-seq原始数据上传GEO数据库 需要软件:7Z压缩软件和FileZilla数据上传软件,下载地址如下 链接:http://pan.baidu.com/s/1kUPlv9P密码:xaqv 1.首先要注册一个NCBI账号,网址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/?back_url=https%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2F 2.然后进入GEO主页,...
确认上传的数据一切无误后,返回GEO网站,点击Step3的“Notify GEO”。 提交审核 根据所填写信息编辑页面,如果确认上传,最后点击Submit。 如果点击Submit提交了审核(真实上传数据时),接下来的几天内,注册NCBI账号时使用的邮箱中,会收到来自GEO官方的邮件。若有问题,会在邮件中告知,之后按照提示修改即可。若无问题,等待...
1)待收到BioSample编号之后,我们要再次登录NCBI,进入Submit界面,这次我们选择Sequence Read Archive(SRA),然后点击New submission进入最后的数据上传关卡。 2)填写个人信息。 3)第二步填写通用信息,如果提前注册好了Bioproject号。Biosample这里选择yes,Release date根据需要选择即可。点击Continue。