三代测序组装解决方案为大基因组组装提供高效稳定的技术支持,三代测序与二代测序相比有着长读长的天然的技术优势,正得到市场的青睐,但是基因组组装速度慢,耗时长也阻碍了应用的推广。阿里云三代测序组装方案,在保证最终结果一致的条件下,无需改变传统软件用法,节约50%以上的效率和成本。 方案咨询 方案架构 架构介绍 1.不
三代数据组装线粒体基因组 样本制备环节，选择高纯度线粒体是关键。动物细胞线粒体富集常用差速离心法，植物样本需要额外增加细胞壁裂解步骤。实际操作中，离心机参数设置直接影响线粒体纯度——例如哺乳动物样本建议采用800g低速离心去除细胞核，12000g高速离心获取线粒体沉淀。离心时间控制在15-20分钟区间，低温环境...
以前短read测序时代(大约在2015年之前发表的基因组),基因组组装是一个老大难的问题,contig N50也就是几十kb样子。自从三代测序商业化一样,组装基本不存在特别困难的地方(除了中等杂合的基因组奥,不同杂合性组装指南),尤其是李恒大牛开发的Hifiasm软件(收藏|李恒大牛三代组装神器hifasm最全面介绍),使的组装既快又...
三代基因组组装流程 1.数据质控：首先，对原始测序数据进行质量控制，包括去除低质量序列、去除接头序列和低质量碱基等。2.参考基因组预处理：针对亚基因组，根据参考基因组信息对原始数据进行预处理，如去除线粒体DNA序列、剔除已知的污染序列等。3.数据比对：将预处理后的数据与参考基因组进行比对，通常采用软件工具...
随着长reads测序技术的普及,HiFi或ONT已是基因组测序的标配,为了实现基因组尽可能的少gap甚至gap-free,往往将二代和三代几种测序技术结合使用。hifiasm和Nextdenovo是应用较为普遍的三代测序基因组组装工具。这…
1、宏基因组解析叶际微生物组的基因组图谱 通过三代宏基因组测序,研究者们共组装得到了26,067个contigs,其中包括142个环状序列。包含了669个完整的16S rRNA基因,这些基因被聚类到166个细菌种,其中121个与已知序列的相似性低于97%,表明它们可能是新种。
三代基因组组装时数据量对组装结果的影响较大且ONT的数据量偏少,为了消除数据量差异造成的组装结果差异,作者将PacBio的数据抽提成ONT水平的数据,具体参照指标是ONT数据的数据量、基因组覆盖乘数及测序数据长度分布,抽提结果如下: 在尽可能消除了数据量及长度差异对组装造成的影响后,正式进入组装步骤。
随着测序技术的更新迭代,NGS宏基因组序列因其短读长的限制,存在着组装Contig太短、组装完整性差、基因不完整、基因簇破裂、污染率高等问题,已经不能满足科研工作者的需求。 三代宏基因组可以为复杂微生物群体样本中的单菌组装提供又长又准的序列,大幅提升组装效果,打造宏基因组完成图Complete MAGs新概念,并可为复杂...
涉及主要技术:全基因组重测序(二代+三代)、Hi-C、ChIP-seq、RNA-seq 1.高质量萝卜基因组的组装 k-mer分析表明,NAU-LB基因组是高度纯合的,杂合度为0.14%,适合于提高基因组组装的质量。通过PacBio RSII平台共生成了54.01 Gb的reads(N50长度为18.06 Kb),对514.57 Mb基因组的覆盖深度为104.96 x。然后,用Illum...
作者通过WGS(二代+三代)和Hi-C技术,组装了赤豆品种”京农6号“高质量染色体水平的参考基因组,覆盖了97.8%的赤豆基因组,重叠群N50约为16 Mb,共有32,738个蛋白编码基因。之后,作者对包括野生和栽培在内的322份赤豆品种进行了WGRS,生成了赤豆基因组变异图谱。作者还进行了比较基因组学和关键农业性状的GWAS,以...