2. 将promoter序列粘贴进入右下角的框中,选中左侧转录因子,点击SCAN: 3. 得到28条转录因子NFAT与IL17A的结合位点,其中Strand -1没有特殊意义,只需选择Strand 1即可。 4. 好了,转录因子与promoter结合位点已经有了,接下来就是愉快的通过实验验证了!Luciferase、点突变、截短、ChIP等统统拉上来就可以了!
首先我们了解一些基础知识启动子(promoter):与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。 转录起始点(TSS):转录时,mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基,通常为一个嘌呤。UTR(Untra… 艾柏森生物 生命科学研究热点——基因突变的检测方法 冉盛网 【新手请看】完就再也难不到你的:查找基因的启动子、UTR区、及转录...
1. 打开http://jaspar.genereg.net/(我这边这个网址暂时打不开了,所以我登录了这个网址:http://jaspardev.genereg.net/),输入转录因子NFAT,点击Quick Search: 2. 将promoter序列粘贴进入右下角的框中,选中左侧转录因子,点击SCAN: ...
2. 将promoter序列粘贴进入右下角的框中,选中左侧转录因子,点击SCAN: 3. 得到28条转录因子NFAT与IL17A的结合位点,其中Strand -1没有特殊意义,只需选择Strand 1即可。 4. 好了,转录因子与promoter结合位点已经有了,接下来就是愉快的通过实验验证了!Luciferase、点突变、截短、ChIP等统统拉上来就可以了!
首先我们了解一些基础知识启动子(promoter):与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。 转录起始点(TSS):转录时,mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基,通常为一个嘌呤。UTR(Untranslated Regions):即非翻译区,是信使RNA(mRNA)分子两端的非编码片段。 5′-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子,...
转录起始点(TSS):转录时,mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基,通常为一个嘌呤。 UTR(Untranslated Regions):即非翻译区,是信使RNA(mRNA)分子编码区(CDS)两端的非编码片段。5’-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子,3’-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴(Poly-A)的末端。
转录起始点(TSS):转录时,mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基,通常为一个嘌呤。 UTR(Untranslated Regions):即非翻译区,是信使RNA(mRNA)分子编码区(CDS)两端的非编码片段。5’-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子,3’-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴(Poly-A)的末端。
转录起始点(TSS):转录时,mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基,通常为一个嘌呤。 UTR(Untranslated Regions):即非翻译区,是信使RNA(mRNA)分子编码区(CDS)两端的非编码片段。 5’-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子,3’-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴(Poly-A)的末端。
1.后面的预测步骤是改版前的Jaspar,可见上一篇介绍Jaspar的文章学习在 新版Jaspar中怎么预测启动子区域的转录因子结合位点。 2.打开/(我这边这个网址暂时打不开了,所以我登录了这个网址:/),输入转录因子NFAT,点击Quick Search: 2. 将promoter序列粘贴进入右下角的框中,选中左侧转录因子,点击SCAN: 3. 得到28条转录...
登录PubMed: ncbi.nlm.nih.gov搜索基因，如IL17A，查看搜索结果并点击第一条。在Gene页面，选择Sequence Text View，查看基因的上游2 kb序列，即为其启动子区域。UCSC查找启动子区域 访问UCSC: genome.ucsc.edu，使用Table Browser获取基因的上游2000 bases的序列，即启动子区域。对于转录因子结合位点的...