下面是cytoscape讲师的笔记 一、MCODE插件 关于网络构建,PPI+MCODE两者结合似乎已经成了标配。那么如何掌握它也就成了入门生信的必修课题! 定义:MCODE(Molecular Complex Detection)插件是在庞大的网络中根据边和节点的关系,寻找出关键的子网络和基因,方便进行下游分析。(我理解的话,其实这方法和Cytohubba很相似,不过Cyto...
推荐在这里下载cytoscape的APP:https://apps.cytoscape.org/apps/all 会自动检查自己电脑是否已经安装。 二、cytoHubba插件 1、简介 目的:先用STRING网站构建PPI网络,当存在上百个基因的对应关系时,就需要再利用插件通过拓扑网络算法给每个基因赋值,排序发现其关键基因(hub gene)和子网络 cytoHubba根据nodes在网络中的属...
Advanced parameters 当形成模块后,插件会尝试计算一个相似度,看是否能合并高度重叠的模块。如果数值大于阈值 Overlap threshold,证明两模块可合并。具体有四种方法能计算相似度Similarity,合并有两种方式 Merging method 插件大概的工作原理是从“种子”开始逐渐形成模块,选取种子有三种方法 在实际案例中,From unused nodes ...
首先点击App Manager 在Search中输入所需要的插件:cytohubba。之后点击右下角的install,因为我已经下载好了所以这边是显示灰色。 示例数据:Yeast Perturbation 如果页面没有,大家也可以通过安装Cytoscape的路径sampleData\sessions载入 下载成功会发现左边操作页面上出现了cytoHubba的选择 2.2 了解数据 此网络是由两种数据构成:...
推荐在这里下载cytoscape的APP:https://apps.cytoscape.org/apps/all 会自动检查自己电脑是否已经安装。 二、cytoHubba插件 1、简介 目的:先用STRING网站构建PPI网络,当存在上百个基因的对应关系时,就需要再利用插件通过拓扑网络算法给每个基因赋值,排序发现其关键基因(hub gene)和子网络 ...
据文献介绍,Centiscape是目前唯一能同时计算多个中心值的Cytoscape插件。在Centiscape上,通过计算出中心值或者用从实验中得到的生物参数排序,能够从网络上得到关键节点。 二、名词解释 先了解一些拓扑网络参数,之后会用到插件中 0. 基本概念 G=(V,E):有向网络,或无向网络 ...
cytoscape十大插件之九 - 转录调控王者 iRegulon 下面是cytoscape讲师的笔记 一、iRegulon插件 基因调控网络通过调节基因的表达量和时间-空间分布特征影响生物发育,维持内稳态和疾病发生发展。因此,明确基因调控网络的拓扑学原理有助于对机制深入探讨。**基因调控网络由转录因子与其直接靶基因之间的相互作用组成。**每一种...
2.1 插件下载: 首先点击App Manager 在Search中输入所需要的插件:cytohubba。之后点击右下角的install,因为我已经下载好了所以这边是显示灰色。 示例数据:Yeast Perturbation 如果页面没有,大家也可以通过安装Cytoscape的路径sampleData\sessions载入 下载成功会发现左边操作页面上出现了cytoHubba的选择 ...
2.1 插件下载: 首先点击App Manager 在Search中输入所需要的插件:cytohubba。之后点击右下角的install,因为我已经下载好了所以这边是显示灰色。 示例数据:Yeast Perturbation 如果页面没有,大家也可以通过安装Cytoscape的路径sampleData\sessions载入 下载成功会发现左边操作页面上出现了cytoHubba的选择 ...