群落多样性（Community diversity）的指数：是物种丰富度和物种均匀度的综合指标 例：Observed spieces代表OTUs直观数量统计；PD score是结合OTUtable和OTU tree一同计算的，考虑到了样本在进化树上的分布。一个OTU的来源越复杂，其PD score越高。来自进化树上不同的地方越多，其PD score越高。
抵抗力和恢复力:Alpha多样性有助于生态系统更好地应对环境变化和灾害,提高了生态系统的恢复能力。一个多样性丰富的生态系统更有可能适应新的环境条件或从干扰中恢复过来。 2. Beta多样性 Beta多样性表示不同地区或生态系统之间的物种多样性差异,用来比较不同地方或生境之间的物种差异程度。它关注的是物种在不同地方...
1分钟说清楚Alpha多样性相关的6个指数 Alpha多样性是指一个特定环境或生态系统内的多样性,主要用来反映物种丰富度和均匀度以及测序深度。Alpha多样性主要关注局域均匀生境下的物种数目,因此也被称为生境内的多样性(within-habitat diversity)。 Alpha多样性主要通过Chao1、Observed species、Goods_coverage、shannon、Simpso...
群落多样性(Community diversity)的指数:是物种丰富度和物种均匀度的综合指标 Shannon指数:用来估算样品中微生物多样性指数之一。它与Simpson多样性指数常用于反映alpha多样性指数。Shannon值越大,说明群落多样性越高。 Simpsin指数:用来估算样品中微生物多样性指数之一,由Edward Hugh Simpson提出,在生态学中常用来定量描述...
Alpha多样性【转】 Alpha多样性是指一个特定区域或生态系统内的多样性,是反映丰富度和均匀度的综合指标。Alpha多样性主要与两个因素有关:一是种类数目,即丰富度;二是多样性,群落中个体分配上的均匀性。群落丰富度(Community richness)指数主要包括Chao指数和Ace指数。群落多样性(Community diversity)指数,包括Shannon...
Chao1指数 Chao1指数有两个版本。版本1使用了单个丰度的物种数量（即“光棍汉”物种）和双个丰度的物种数量（即“好基友”物种）来计算。版本2在此基础上进行了改进，避免了分母为零的情况，尤其是在微生物多样性计算中更为适用。ACE指数 ACE指数由Chao A和Lee S M在1992年提出。它不仅考虑了稀有...
辛普森多样性指数主要用于评估物种丰富度和相对丰度（alpha多样性），而辛普森相似性指数则侧重于测量不同取样单位内的物种相似性（beta多样性）。辛普森多样性指数由英国统计学家Edward Hugh Simpson于1949年提出，主要用于计算物种丰富度和相对丰度。此指数通过计算物种多样性，考虑了物种的丰富度（样本中不同...
版本2是升级版的Chao1计算,现在用的一般都是这个,分母不至于出现为0的情况,尤其在微生物多样性的计算上,更为常见。 根据版本2的公式 A地:Sobs=4;F1=1;F2=1,Schao1=4.0 B地:Sobs=5;F1=2;F2=1,Schao1=5.5 2.2 ACE ACE是还是由Chao A这个大佬和Lee S M 在1992年在《Estimating the number of clas...
(df) # 计算Simpson多样性 simpson_index <- diversity(df, "simpson") # 创建一个新的数据框,包含样本名、Shannon指数和Simpson指数 result <- data.frame(Sample = row.names(df), Shannon = shannon_index, Simpson = simpson_index) # 打印结果 print(result) write.table(result, file = "diversity_...