抵抗力和恢复力:Alpha多样性有助于生态系统更好地应对环境变化和灾害,提高了生态系统的恢复能力。一个多样性丰富的生态系统更有可能适应新的环境条件或从干扰中恢复过来。 2. Beta多样性 Beta多样性表示不同地区或生态系统之间的物种多样性差异,用来比较不同地方或生境之间的物种差异程度。它关注的是物种在不同地方...
群落多样性(Community diversity)的指数:是物种丰富度和物种均匀度的综合指标 Shannon指数:用来估算样品中微生物多样性指数之一。它与Simpson多样性指数常用于反映alpha多样性指数。Shannon值越大,说明群落多样性越高。 Simpsin指数:用来估算样品中微生物多样性指数之一,由Edward Hugh Simpson提出,在生态学中常用来定量描述...
群落多样性（Community diversity）的指数：是物种丰富度和物种均匀度的综合指标 例：Observed spieces代表OTUs直观数量统计；PD score是结合OTUtable和OTU tree一同计算的，考虑到了样本在进化树上的分布。一个OTU的来源越复杂，其PD score越高。来自进化树上不同的地方越多，其PD score越高。
Hill(1973)认识到物种丰富度、Shannon指数以及Simpson指数都是同一系列多样性指数成员,并据此提出希尔数(Hill numbers)量化多样性。 下面公式中的系数q即为希尔数,其量化了计算多样性时对稀有物种的折扣程度:对于q > 0,指数计算时对稀有物种打折扣;q = 0,所有物种等权重对待;对于q < 0,指数计算时对丰富物种打折...
Alpha多样性是指一个特定环境或生态系统内的多样性,主要用来反映物种丰富度和均匀度以及测序深度。Alpha多样性主要关注局域均匀生境下的物种数目,因此也被称为生境内的多样性(within-habitat diversity)。 Alpha多样性主要通过Chao1、Observed species、Goods_coverage、shannon、Simpson和pielou-e等指数来反映丰富度和均匀...
Alpha多样性不仅可以帮助企业更好地满足消费者的个性化需求,还能够提升企业的竞争力。Alpha多样性的实施可以使企业把更多的精力放在核心业务上,为客户带来更多的可靠服务,实现与潮流脉搏的统一,赢得市场的青睐。 正是由于Alpha多样性,互联网企业才能获得巨大的商业发展机遇,同时也让消费者体验得到更大的提升。面对激烈的...
知乎,中文互联网高质量的问答社区和创作者聚集的原创内容平台,于 2011 年 1 月正式上线,以「让人们更好的分享知识、经验和见解,找到自己的解答」为品牌使命。知乎凭借认真、专业、友善的社区氛围、独特的产品机制以及结构化和易获得的优质内容,聚集了中文互联网科技、
辛普森多样性指数主要用于评估物种丰富度和相对丰度（alpha多样性），而辛普森相似性指数则侧重于测量不同取样单位内的物种相似性（beta多样性）。辛普森多样性指数由英国统计学家Edward Hugh Simpson于1949年提出，主要用于计算物种丰富度和相对丰度。此指数通过计算物种多样性，考虑了物种的丰富度（样本中不同...
Chao1指数 Chao1指数有两个版本。版本1使用了单个丰度的物种数量（即“光棍汉”物种）和双个丰度的物种数量（即“好基友”物种）来计算。版本2在此基础上进行了改进，避免了分母为零的情况，尤其是在微生物多样性计算中更为适用。ACE指数 ACE指数由Chao A和Lee S M在1992年提出。它不仅考虑了稀有...
ACE是常用的Alpha多样性指数之一,其计算方式是 可以看到计算Chao1指数和ACE指数都依据丰度的counts值来计算,而输入计算了相对丰度的OTU表时就丢失了丰度的counts值信息,故而只能使用抽平后的OTU表。 那你还知道哪些基于丰度的counts值计算的Alpha多样性指标或者Alpha多样性其他容易被忽视又很重要的知识点呢?欢迎在评论...