Alpha多样性分析 Alpha多样性主要反映样本内多样性。在肠道菌群分析中,是用来衡量个体内菌群的多样性,注意是单个个体,不涉及个体间的比较。Alpha多样性主要与两个因素有关:一是种类数目,即丰富度;二是多样性,群落中个体分配上的均匀性。通常有三类相关指数,测序深度指数(Observed spieces 和 Good’s coverage)、菌群...
一般来说,beta多样性被分解为两个不同的过程,即周转(turnover)和丰富度变化(其特例是嵌套(nestedness)[ 嵌套(nestedness):广义上的嵌套是指任何小的生物群落是大的生物群落子集的分布格局]),分别描述了物种在群落中的更替和物种的增加或减少。这两个组成部分意味着决定生物多样性模式的不同生态过程。量化beta多样性...
Beta多样性量化了不同群落之间的差异性。因其潜在的模式和驱动因素可能不同,仅仅根据总体beta多样性来推断物种组成的变化可能会产生误导。近年来,越来越多的研究者意识到对beta多样性进行分解的重要性。一般来说,beta多样性被分解为两个不同的过程,即周转(turnover)和丰富度变化(其特例是嵌套(nestedness)[ 嵌套(nes...
Beta多样性量化了不同群落之间的差异性。因其潜在的模式和驱动因素可能不同,仅仅根据总体beta多样性来推断物种组成的变化可能会产生误导。近年来,越来越多的研究者意识到对beta多样性进行分解的重要性。一般来说,beta多样性被分解为两个不同的过程,即周转(turnover)和丰富度变化(其特例是嵌套(nestedness)[ 嵌套(nes...
Alpha多样性组间显著性分析和可视化 qiime diversity alpha-group-significance \ --i-alpha-diversity core-metrics-results/faith_pd_vector.qza \ --m-metadata-file sample-metadata.tsv \ --o-visualization core-metrics-results/faith-pd-group-significance.qzv qiime diversity alpha-group-significance \ ...
录屏右下角时间从2021-1-7-17:15直接跳到了17：18，刚好略过了这个步骤。我的qzv文件图片我放二...
目前主流的Beta多样性分解方法包括BAS法(Baselga方法,简称BAS法)和POD法。Beta分解的相关研究群体主要是动植物,微生物组比较少。BAS方法主要基于Sørensen指数,将两两群落间总体beta多样性(βsor)分解为物种空间周转组分(βsim)嵌套组分(βsne)。 【图】Li等人在研究中分析了人类土地利用系统对不同功能群落相似性...