2,分离SNP和indel vcftools --vcf snp_indel.vcf --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out SNPs_only # --remove-indels 移除indel位点信息,若想移除snp位点信息则用--keep-only-indels # --recode 这个参数和上面--freq的意思差不多,不能少,否则没有结果文件 # --recode-INFO-all,原vcf文件...
–remove-indels即保留或去除SNP,留下INDEL。 根据VCF文件第七列FILTER进行过滤 –remove-filterer-allFILTER列除了PASS保留,其余都过滤 –keep-filtered,–remove-filtered保留或去除特定FILTER标签。可多次使用。 根据vcf第八列INFO进行过滤 –keep-INFO –remove-INFO根据INFO列的指定tag进行过滤 根据ALLEL进行过滤 –...
–remove-indels 删除indel标记 根据flag过滤 –remove-filtered-all Removes all sites with a FILTER flag other than PASS. –keep-filtered –remove-filtered ncludes or excludes all sites marked with a specific FILTER flag. These options may be used more than once to specify multiple FILTER flags....
--remove-indv 'Samplename' ###只删除一个样本 第二个需求,只提取其中的SNP,剔除indel --remove-indels ##若想移除snp位点信息则用--keep-only-indels ##有网友说 snp位点和indel的分离也可以用gatk,但我没用过 --positions specific_position.txt ##提取特定的SNPs ##specific_position.txt的格式“chr po...
vcftools--gzvcf combined200.vcf.gz--remove-indels--recode--recode-INFO-all--outSNPs_only--recode 表示过滤之后会生成一个新文件,以.recode.vcf为后缀--recode-INFO-all 因为在过滤之后,原先存在的INFO列的注释信息可能不对, 比如剔除了一些样本,那么AN就需要重新计算。
vcftools可以随机抽取指定个样品的vcf文件,用到的选项为--max-indv,指定要从vcf文件中随机抽取指定个样品。 具体用法如下: 下图为原始vcf文件。 随机抽取5个样品,执行以下代码: vcftools --vcf snp.vcf --max-indv 5 --remove-indels --recode --out outfilename ...
–remove-indels 删除indel标记 根据flag过滤 –remove-filtered-all Removes all sites with a FILTER flag other than PASS. –keep-filtered –remove-filtered 根据INFO过滤 –keep-INFO<string> –remove-INFO<string> 根据ALLELE过滤 –maf <float> MAF最小值过滤 ...
如果你想从VCF文件中只提取SNP或InDel变异,可以使用--remove-indels或--keep-only-indels选项。例如,只保留SNP: bash vcftools --vcf in.vcf --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out snp_only.vcf 或者只保留InDel: bash vcftools --vcf in.vcf --keep-only-indels --recode --recode-INFO...
vcftools 没有这个功能，你可以看看他的帮助：https://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html ...
Outputs some basic statistics: the number of SNPs, indels, etc. Note:A fasthtslibC version of this tool is now available (seebcftools stats). vcf-subset Remove some columns from the VCF file. Note:A fastHTSlibC version of this tool is now available (seebcftools view). ...