1,输出vcf文件中指定染色体上所有位点的等位基因频率 vcftools --vcf all.SNP.vcf --freq --chr CM032067.1 --out chr1_analysis # --vcf输入文件格式,如果是bcf文件则改为--bcf # --freq,在结果文件中显示等位基因频率,该参数不能少,否则没有结果文件 # --out,输出结果前缀,vcftools工具中别的功能也中...
vcftools [ --vcf FILE | --gzvcf FILE | --bcf FILE] \ [ --out OUTPUT PREFIX ] [ FILTERING OPTIONS ] [ OUTPUT OPTIONS ] 2.使用 官网提供了几个常用示例,下面用我的vcf文件测试一下,我的vcf文件共249个样本,27012个SNP标记 2.1 对来自chr1的每一个位点统计其基因频率 vcftools --gzvcf combine...
1.vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具。 2.输入参数 –vcf 支持v4.0及以上版本的VCF文件 –gzvcf 通过gzipped压缩过的VCF文件 –bcf BCF2文件 3.输出参数 –out 输出文件,直接对应输出文件命名 –temp <temporary_directory> 指定结果的输出目录 –stdout 可接管道符对输出结果...
vcftools --vcf test.vcf --plink --chr 1 --out output_in_plink vcftools使用说明 vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能我们可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。目前官网的版本是vcftools v0.1.13。 中文版本:https://www.j...
5.为bcf文件中的每个站点输出Hardy-Weinberg p值,该站点没有任何缺失的基因型 vcftools--bcfinput_file.bcf--hardy--max-missing1.0--outoutput_noMissing AI代码助手复制代码 6.在一系列位置输出核苷酸多样性 zcat input_file.vcf.gz | vcftools --vcf - --site-pi --positions SNP_list.txt --outnucleoti...
vcftools[--vcf/gzvcf/bcfFILE][--outOUTPUTPREFIX][FILTERINGOPTIONS][OUTPUTOPTIONS]#参数说明#输入#–vcf 输入vcf文件#–gzvcf 输入gz压缩的vcf文件#–bcf 输入bcf文件#输出 -out#-out 输出文件#–stdout/-c标准输入,可后接管道操作#–temp指定输出目录#过滤参数#–chr, --not-chr指定过滤选择某染色体,可...
5.为bcf文件中的每个站点输出Hardy-Weinberg p值,该站点没有任何缺失的基因型 vcftools--bcfinput_file.bcf--hardy--max-missing1.0--outoutput_noMissing 6.在一系列位置输出核苷酸多样性 zcat input_file.vcf.gz | vcftools --vcf - --site-pi --positions SNP_list.txt --outnucleotide_diversity ...
将VCF格式转换为BCF格式: vcftools --vcf input_data.vcf --recode-bcf --recode-INFO-all --out converted_output 1. 比较两个VCF文件,输出两个文件共有的SNP和样本的结果: ## 第一个参数正常指定,第二参数指定为--diff, --gzdiff 或者--diff-bcf ...
manual vcftools documentation vcftools is a suite of functions for use on genetic variation data in the form of VCF and BCF files. The tools provided will be used mainly to summarize data, run calculations on data, filter out data, and convert data into other useful file formats. ...
VCFtools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。 配置流程 1.配置编译环境 安装相关依赖。 yum install autoconf dh-autoreconf automake zlib-devel 2.获取源码 获取“vcftools-0.1.16”源码包。 cd/usr...