--out输出到特定的位置和特定的文件名 1 vcftools --vcf test.vcf --chr chr1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --recode --recode-INFO-all --out result Writing out to screen 用--stdout or -c可以重定位所有输出到标准输出,可以通过管道输出给别的软件或者直接输入到某个输出文件。 1 2 3 vcf...
vcftools --vcf all.SNP.vcf --freq --chr CM032067.1 --out chr1_analysis # --vcf输入文件格式,如果是bcf文件则改为--bcf # --freq,在结果文件中显示等位基因频率,该参数不能少,否则没有结果文件 # --out,输出结果前缀,vcftools工具中别的功能也中的--out也是这个意思 结果文件(chr1_analysis.frq) ...
##[针对个体进行过滤]--vcftools --vcf+文件名 -missing-ind ##执行以上命令获取out.miss文件,其中包括染色体、SNP名称 N_MISS(缺失个数)、 N_GENO(总个数)、 F_MISS(缺失率) ##插句题外话:mawk '$5 > 0.5' out.imiss | cut -f1 > lowDP.indv 获取缺失数据超过50%的个体,如果想删除或保留,参考...
只保留1和10号两个样品,执行以下代码: vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --indv 1 --indv 10 > out.vcf 删除1号样品,执行以下代码: vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --remove-indv 1 > out.vcf 如果样品较多,也可将样品保存到文件 id....
vcftools--gzvcfinput_file.vcf.gz--freq--chr1--outchr1_analysis AI代码助手复制代码 2.从输入vcf文件输出新的vcf文件,该文件删除任何indel位点 vcftools--vcfinput_file.vcf--remove-indels--recode--recode-INFO-all--outSNPs_only AI代码助手复制代码 ...
第二种情况: cd vcftools/ ./autogen.sh ./configure make make install 使用 #用vcftools软件将vcf格式围成genotype252.map和genotype252.ped两个文件 vcftools --vcf genotype_252_填补.hmp.vcf --plink --out genotype252 查看全文 相关阅读:find fdisk falcon-eye ethtools e2fsck dpkg declare df debconf...
vcftools --vcf input.vcf --freq --out output ``` 其中,`input.vcf`是包含VCF文件的文件名,`output`是输出文件的名称。 3. 运行命令后,VCFtools将计算每个位点的等位基因频率,并将结果输出到指定的输出文件中。 请注意,在计算等位基因频率之前,确保VCF文件已经经过质量过滤和去噪等预处理步骤,以确保结果的准...
3. 按照染色体提取VCF /120t/caix/miniconda3/bin/vcftools--gzvcf 21SBR.snp.0706.recode.vcf.gz--chrA01--recode--recode-INFO-all--out 21SBR.snp.0706.A01bgzip 21SBR.snp.0706.A01.recode.vcf tabix-p vcf 21SBR.snp.0706.A01.recode.vcf.gz ...
vcftools --vcf test.genotypes_no_missing_IDs.vcf --012 --out snp_matrix 1后缀为 .012 的012 基因型矩阵文件,每行为样本,列为基因型。缺失基因型用 -1 表示。 第一列为索引,并不是真实的样本名,在接下来的步骤中需要替换。0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 1 1...
想使用vcftools转为plink文件,这样plink的map文件有名称,可以一步到位。一般最简单的方法是: vcftools --vcf clean_vcf.recode.vcf --plink --out a1 1. 这里: –vcf 后面是vcf的数据格式 –plink,是转为plink的格式 –out ,是输出的文件名前缀