Error: Require Genotypes in VCF file in order to output Fst statistics. 因为你得population文件里面的种群名与.vcf文件中的不一致,两种情况:一是将reads比对到参考基因组时,未区分样本;二是你population里面输入的种群名有误,未与之前对应。 总结: vcftools支持.gz的压缩文件,但需要将--vcf替换成--gzvcf。
vcftools为专门处理vcf/bcf文件而生,此工具能处理VCF数据包括:过滤(filter), ;变异位点的基本统计;数据格式的转换;多个vcf文件的比较(compare files);集合运算。 目前常用版本v0.1.16。官方网站[https://vcftools.github.io/index.html] vcftools [ --vcf/gzvcf/bcf FILE ] [ --out OUTPUT PREFIX ] [ FILTER...
利用vcftools将keep_snp_sites.txt文件中位点取出 vcftools--gzvcf output.vcf.gz--positions keep_snp_sites.txt--recode--recode-INFO-all--out final_out 这一步也可以运用bcftools view的-R参数进行。 可以将这些脚本与命令行整合到一个脚本中,filt_vcf.pl: system"bcftools view -m2 -M2 -v snps $ARGV...
基本参数 vcftools[--vcf/gzvcf/bcfFILE][--outOUTPUTPREFIX][FILTERINGOPTIONS][OUTPUTOPTIONS]#参数说明#输入#–vcf 输入vcf文件#–gzvcf 输入gz压缩的vcf文件#–bcf 输入bcf文件#输出 -out#-out 输出文件#–stdout/-c标准输入,可后接管道操作#–temp指定输出目录#过滤参数#–chr, --not-chr指定过滤选择某...
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能我们可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。 基本参数 输入参数 –vcf 支持v4.0、v4.1或者v4.2版本的VCF文件 –gzvcf 通过gzipped压缩过的VCF文件 –bcf BCF2文件 输出参数 –out ...
–gzvcf:处理压缩格式的vcf文件(可替换为–vcf) –chr n:选择染色体n,例:–chr 1 –recode:重新编码为vcf文件,有过滤操作都要加上--recode –recode-INFO-all:将输出的文件保存所有INFO信息 –stdout:标准输出,后接管道命令 –gzip -c:压缩 output.vcf.gz:将结果输出到output.vcf.gz ...
–gzvcf：处理压缩格式的vcf文件（可替换为–vcf）–chr n：选择染色体n，例：–chr 1 –recode：重新编码为vcf文件,有过滤操作都要加上--recode –recode-INFO-all：将输出的文件保存所有INFO信息 –stdout：标准输出，后接管道命令 –gzip -c：压缩 --max-missing --max-missing的取值是0-1，...
–gzvcf 通过gzipped压缩过的VCF文件 –bcf 输出参数 –out 输出文件,后面直接对输出文件命名 –stdout 可接管道符对输出结果进行重新定向 –temp <temporary_directory> 指定结果的输出目录 过滤参数 根据位置过滤 –chr 指令可多次使用 –not-chr 指令...
vcftools是一个强大的命令行工具,用于处理VCF文件。--positions参数允许你指定一个包含位置信息的文件,vcftools将只输出这些位置上的变异。 3. 设置vcftools的其他必要参数 除了--positions参数外,你还需要设置输入VCF文件、输出文件等参数。 4. 运行vcftools命令 下面是一个示例命令,假设你的VCF文件名为data.vcf.gz,...
–vcf 支持v4.0、v4.1或者v4.2版本的VCF文件 –gzvcf 通过gzipped压缩过的VCF文件 –bcf BCF2文件 输出参数 –out 输出文件,后面直接对输出文件命名 –stdout 可接管道符对输出结果进行重新定向 –temp <temporary_directory> 指定结果的输出目录 过滤参数 根据位置过滤...