因此我们需要使用我们的染色体或则contig,scaffold作为染色体id,于是可以使用一下方法解决该问题。 1、利用bcftools创建chr-map映射文件 bcftools view -H sample.vcf|cut-f1|uniq|awk'{print $0"\t"$0}' > sample.chr-map.txt 2、然后利用vcftools转为plink文件 vcftools --vcf sample.vcf --plink --chrom-map...
1. vcftools提取基因型 vcftools使用 --extract-FORMAT-info 选项来提取基因型信息。 vcftools --vcf sample.raw.vcf --extract-FORMAT-info GT --out sample# 结果文件# sample.GT.FORMAT sample.GT.FORMAT 2. vcftools提取指定区域的变异信息 # 提取chr1 5M-10M区域的变异位点vcftools --vcf sample.snp.vcf\...
## --freq --chr 1 计算1号染色体等位基因频率 --missing-indv ##[针对个体进行过滤]--vcftools --vcf+文件名 -missing-ind ##执行以上命令获取out.miss文件,其中包括染色体、SNP名称 N_MISS(缺失个数)、 N_GENO(总个数)、 F_MISS(缺失率) ##插句题外话:mawk '$5 > 0.5' out.imiss | cut -f1...
which can generally be output by SNP callers such as the GATK. Use of this option requires a chromosome to be specified via the “–chr” option. The resulting output file has the suffix “.BEAGLE.GL” or
–chr, --not-chr指定过滤选择某染色体,可多次使用 –from-bp INT, --to-bp,需和–chr一起使用,指定区域 –positions FILE,–exclude-positions接tab分割的多个坐标位置文件 –bed FILE,–exclude-bed根据BED文件进行过滤 根据指定ID位点过滤 –snp 根据vcf文件第三列ID列的snp名进行过滤。
–gzvcf:处理压缩格式的vcf文件(可替换为–vcf) –chr n:选择染色体n,例:–chr 1 –recode:重新编码为vcf文件,有过滤操作都要加上--recode –recode-INFO-all:将输出的文件保存所有INFO信息 –stdout:标准输出,后接管道命令 –gzip -c:压缩 output.vcf.gz:将结果输出到output.vcf.gz ...
1. 提取基因型信息：使用--extract-FORMAT-info选项，vcftools可以提取特定的基因型信息。2. 提取指定区域的变异信息：通过参数--vcf、--chr、--form-bp和--to-bp，用户可以指定一个区域，vcftools将提取该区域内的变异信息，输出到指定的文件中。3. 对vcf文件进行划窗处理：使用--window-pi和--...
这两个参数需要和–chr一起使用 指定要处理的一系列站点的下限和上限 –positions<filename> –exclude-positions <filename> 根据文件中的位置列表包括或排除一组位点。输入文件的每一行应包含(制表符分隔的)染色体和位置 ··· 根据位点过滤 –snp <string>字符串的名称可以匹配dbSNP的数据,适合人类基因组,该指令...
–chr n：选择染色体n，例：–chr 1 –recode：重新编码为vcf文件,有过滤操作都要加上--recode –recode-INFO-all：将输出的文件保存所有INFO信息 –stdout：标准输出，后接管道命令 –gzip -c：压缩 --max-missing --max-missing的取值是0-1，为1时表示某个位点上所有的样本必须都有基因型，一...
vcftools --vcf input_data.vcf --chr 1\ --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --recode --out subset ## ## 打印到屏幕,使用命令more查看 vcftools --vcf input_data.vcf --chr 1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --recode --stdout | more ...