vcftools --gzvcf data.vcf.gz --positions positions.txt --out output --recode --recode-INFO-all --gzvcf:指定输入的gzip压缩的VCF文件。 --positions:指定包含位置信息的文件。 --out:指定输出文件的前缀。 --recode:输出一个重新编码的VCF文件。 --recode-INFO-all:在重新编码的VCF文件中包含所有INFO...
首先我的第一个需求,从vcf中提取部分Sample vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --keep id.txt > out.vcf 其中: --vcf vcf文件名 ##如果是压缩文件vcf.gz的话,需要改成 --gzvcf vcf.gz的文件名 --recode ##不想报错,这句话就不能省略 --recode-INFO-all ##保留旧vcf...
利用vcftools将keep_snp_sites.txt文件中位点取出 vcftools--gzvcf output.vcf.gz--positions keep_snp_sites.txt--recode--recode-INFO-all--out final_out 这一步也可以运用bcftools view的-R参数进行。 可以将这些脚本与命令行整合到一个脚本中,filt_vcf.pl: system"bcftools view -m2 -M2 -v snps $ARGV...
#–minGQ 删除GQ值低于数值的位点#–minDP,–maxDP保留覆盖率min~max范围内的位点。#输出格式转换#输出参数#–recode输出.recode.vcf新文件#–recode-INFO-all保留所有的INFO信息#格式转换#–012 012矩阵文件#–IMPUTE impute文件#–ldhat-geno --ldhat LDhat格式。#–BEAGLE-GL, --BEAGLE-PL#–plink, --plin...
vcftools --vcf input_data.vcf --recode-bcf --recode-INFO-all --out converted_output 1. 比较两个VCF文件,输出两个文件共有的SNP和样本的结果: ## 第一个参数正常指定,第二参数指定为--diff, --gzdiff 或者--diff-bcf vcftools --vcf input_data.vcf --diff other_data.vcf --recode --out com...
vcftools--gzvcf Massoko_Dryad_VCF_final_subset_noIndels.vcf.gz --maf 0.05 --max-maf 0.95 --stdout --recode --recode-INFO-all| bgzip > Massoko_Dryad_VCF_final_subset_noIndels_maf05.vcf.gz vcftools--gzvcf Massoko_Dryad_VCF_final_subset_noIndels_maf05.vcf.gz --thin 1000 --stdout ...
vcftools--gzvcf Massoko_Dryad_VCF_final.vcf.gz--keep inds_to_keep.txt--stdout--recode--recode-INFO-all--remove-indels|bgzip>Massoko_Dryad_VCF_final_subset_noIndels.vcf.gz 为了减小计算压力,进一步对文件进行处理(这一步使用到的两个参数自己还不太明白是什么意思,这一步完全照搬原教程) ...
我使用的是GATK和samtools、vcftools、bcftools的组合。我想过滤我的.vcf文件,这样它就可以删除读取次数少于10次的所有条目。看起来vcftools可以用来做这个。我的代码是: vcftools --vcf "$fn" --out "$fn"_dp10 --minDP 10 --recode --recode-INFO-all 但是,它不会过滤掉任何内容。对此有什么想法吗? Kind...
Vcftools是一款用于处理VCF文件的工具,它提供了许多用于VCF文件分析和处理的命令和功能。以下是Vcftools的一些常用命令: 1.vcf-merge:用于合并多个VCF文件。可以同时处理多个VCF文件,并将它们合并成一个新的VCF文件。 2.vcf-subset:用于提取VCF文件中的特定样本或位点。通过指定样本名或位点范围,可以从VCF文件中提取感...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools./examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cdvcftools-vcftools-581c231/ ...