1.输出来自染色体1的输入vcf文件中所有位点的等位基因频率 vcftools--gzvcfinput_file.vcf.gz--freq--chr1--outchr1_analysis AI代码助手复制代码 2.从输入vcf文件输出新的vcf文件,该文件删除任何indel位点 vcftools--vcfinput_file.vcf--remove-indels--recode--recode-INFO-all--outSNPs_only AI代码助手复制代...
vcftools为专门处理vcf/bcf文件而生,此工具能处理VCF数据包括:过滤(filter), ;变异位点的基本统计;数据格式的转换;多个vcf文件的比较(compare files);集合运算。 目前常用版本v0.1.16。官方网站[https://vcftools.github.io/index.html] vcftools [ --vcf/gzvcf/bcf FILE ] [ --out OUTPUT PREFIX ] [ FILTER...
(base) [root@PC1 test]#vcftools --vcf outcome.vcf --max-missing0.9--plink --outtest &> /dev/null(base) [root@PC1 test]# ls## 最大丢失率不超过1-0.9outcome.map outcome.ped outcome.vcf test.map test.ped (base) [root@PC1 test]#cat test.map1snp402037501snp50312707...
1.vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具。 2.输入参数 –vcf 支持v4.0及以上版本的VCF文件 –gzvcf 通过gzipped压缩过的VCF文件 –bcf BCF2文件 3.输出参数 –out 输出文件,直接对应输出文件命名 –temp <temporary_directory> 指定结果的输出目录 –stdout 可接管道符对输出结果...