VAF是Variant Allel Frequency的缩写,通常称之为变异等位基因频率, 计算公式如下 从公式上看,描述的是突变的allel对应的reads数目占该位点所有read数目的比例,在VCF文件中,通常以AD这个字段表示allel的测序深度,多个allel的测序深度用逗号连接,DP表示该位点总的测序深度, 举例如下 代...
VAF是Variant Allel Frequency的缩写,通常称之为变异等位基因频率, 计算公式如下 从公式上看,描述的是突变的allel对应的reads数目占该位点所有read数目的比例,在VCF文件中,通常以AD这个字段表示allel的测序深度,多个allel的测序深度用逗号连接,DP表示该位点总的测序深度, 举例如下 代码语言:javascript 复制 AD=4,8DP=...
在学术科学领域,VAF是Variance Accounted For(差异说明)的缩写,通常用于表示数据中由特定因素或变量解释的方差比例。这是一个重要的统计工具,用于衡量数据中不同变量或因素对整体变异的解释程度。 在生物学和医学领域,特别是基因组学和癌症研究中,VAF更常被理解为Variant Allele Frequenc...
VAF的全称是Variant Allele Frequency(变异等位基因频率)或Variant Allele Fraction(变异等位基因分数)。简单来说就是在基因组某个位点支持alternate/mutant allele的reads覆盖深度占这个位点总reads覆盖深度的比例。以VCF文件中的字段为例,其中DP代表Total Depth,AD代表Allele Depth,因此VAF的计算就是: VAF=Allele DepthTo...
VAF的全称是Variant Allele Frequency(变异等位基因频率)或Variant Allele Fraction(变异等位基因分数)。简单来说就是在基因组某个位点支持alternate/mutant allele的reads覆盖深度占这个位点总reads覆盖深度的比例。以VCF文件中的字段为例,其中DP代表Total Depth,AD代表Allele Depth,因此VAF的计算就是: ...
VAF: 突变等位基因频率的深度解读与计算 VAF，全称为Variant Allele Frequency，是生物信息学中衡量基因组变异频率的关键参数。它定义为在某个基因座上，支持突变或替代碱基的reads覆盖深度占总覆盖深度的比例。在VCF文件中，我们通过DP（Total Depth，总覆盖深度）和AD（Allele Depth，变异等位基因深度）来...
VAF的全称是Variant Allele Frequency(变异等位基因频率)或Variant Allele Fraction(变异等位基因分数)。简单来说就是在基因组某个位点支持alternate/mutant allele的reads覆盖深度占这个位点总reads覆盖深度的比例。以VCF文件中的字段为例,其中DP代表Total Depth,AD代表Allele Depth,因此VAF的计算就是:...
VAF的全称是Variant Allele Frequency(变异等位基因频率)或Variant Allele Fraction(变异等位基因分数)。简单来说就是在基因组某个位点支持alternate/mutant allele的reads覆盖深度占这个位点总reads覆盖深度的比例。以VCF文件中的字段为例,其中DP代表Total Depth,AD代表Allele Depth,因此VAF的计算就是: VAF=Allele DepthTo...
VAF",就是variant allele frequency 或者 variant allele fraction 对于NGS测序数据来说,就是跟参考基因不同的reads与总的测序reads的比值。 一般在VCF文件里面,会有DP4这个信息,可以很容易算出vaf值,如下; 得到上面数据的代码是: 首先是shell 代码语言:javascript ...
本领域技术人员可以理解,在母体血浆等位基因背景下,可以根据胎儿突变型等位基因的丰度确定胎儿的基因型,具体遗传模式如下,其中,突变型等位基因频率为vaf(variantallelefrequency),母体外周血中母体突变型等位基因突变频率为vaf_maternal,胎儿浓度(胎儿丰度)为ff(fetalfraction),0.5ff为胎儿浓度的0.5倍: 1、对于父母携带同...