UCSF Chimera是一款交互可视化软件,主要用于蛋白质三维结构的分析。当然,该软件的功能不仅于此,密度图、轨迹图和序列比对等数据也能通过Chimera完成。Chimera的优势在于软件小且免费。本人之前轮转的时候用过两个月Schrodinger,这款软件功能更强大,不过需要付费,而且收费并不便宜。本人没有用过Pymol,听同学说还不错,以后...
打开Chimera软件,在菜单栏点击“Tools>MD/Ensemble Analysis>MD Movie”打开Get Ensemble Info对话框,在该对话框中导入分子动力学产生的轨迹文件。在Traject formast选项的下拉菜单中选择进行分子动力学计算的程序,可支持Amber、Gromacs、CHARMM、NAMD等多种程序。在本例中我们以Gromacs为例。 在“Run input”选项中选择...
利用UCSF Chimera制作分子动力学轨迹动画本期内容一木为大家分享使用 UCSF Chimera来制作分子动力学轨迹动画。打开Chimera软件,在菜单栏点击“ Tools>MD/Ensemble Analysis>MD Movie”打开Get Ensemble Inf…
当然,也可直接在PDB数据库中下载结构,打开UCSF Chimera软件后,在菜单栏点击“File>Fetch by ID”然后直接输入PDB ID导入结构。 习惯命令行操作的话,可通过在在菜单栏点击“Tools>General Controls>Command Line”打开命令行,输入以下命令导入复合物结构: Command: open 1avx 这里我们从本地导入处理完成的复合物结构...
加州大学旧金山分校的Chimera是一款可高度扩展的，用于分子结构及相关数据的交互可视化和分析的软件，可实现...
pythonprogrammingchemistryphysicschimeramolecular-dynamics-simulationucsf UpdatedJul 13, 2017 steph-rey/MS-CDI_Risk Star0 Code Issues Pull requests This project builds and validates a CDI risk assessment model based on UCSF inpatient data modelingcdirisk-assessmentucsfclinical-datarisk-modelcdiffc-difficile...
Chimera UCSF快捷功能查询
UCSFChimera—AVisualizationSystemforExploratoryResearchandAnalysisERICF.PETTERSEN,THOMASD.GODDARD,CONRADC.HUANG,GREGORYS.COUCH..
UCSF Chimera软件后,在菜单栏点击“File>Fetch by ID”然后直接输入PDB ID导入结构。习惯命令行操作的话,可通过在在菜单栏点击“Tools>General Controls>Command Line”打开命令行,输入以下命令导入复合物结构: Command: open 1avx这里我们从本地导入处理完成的复合物结构文件,通过菜单栏点击“File>Open”或直接拖拽...
本期内容一木为大家分享使用UCSF Chimera来制作分子动力学轨迹动画。 打开Chimera软件,在菜单栏点击“Tools>MD/Ensemble Analysis>MD Movie”打开Get Ensemble Info对话框,在该对话框中导入分子动力学产生的轨迹文件。在Traject formast选项的下拉菜单中选择进行分子动力学计算的程序,可支持Amber、Gromacs、CHARMM、NAMD等多...