今天在利用UCSC数据时出现数据下载不了的情况,今天通过学习掌握了通过UCSC下载TCGA数据,下载步骤如下: 1.UCSC网址网址:xenabrowser.net/ 2. 选择DATA SETS ,出现所有数据集。 3. 选择Pan-Cancer (PANCAN) (41datasets),得到所有信息。 4. 各种数据下载(包括表达量,临床信息,突变信息等) TPM下载: wget toil-xe...
GDC hub和TCGA Hub中能下载的数据不同,适用场景也不同。 ① GDC hub:提供的RNA-seq数据下载包括了3种类别: GDC TCGA COAD RNA-seq数据下载 ② TCGA Hub:提供的RNA-seq数据下载包括了4种类别: 官方答疑文档for data in UCSC Xena TCGA COAD RNA-seq数据下载引用...
其他数据下载也是一样的,需要注意的是看描述信息,该数据库对数据进行了怎样的处理。还有就是时间,我们可以看到上面的数据是2019年7月份的,RNAseq数据,甲基化数据等时间上没有影响,因为这些就算TCGA数据库更新,它也不会变,重要的是临床数据,如果需要最新的临床数据,还是从官网下载临床数据。因为临床数据是不断变化的。
其他数据下载也是一样的,需要注意的是看描述信息,该数据库对数据进行了怎样的处理。还有就是时间,我们可以看到上面的数据是2019年7月份的,RNAseq数据,甲基化数据等时间上没有影响,因为这些就算TCGA数据库更新,它也不会变,重要的是临床数据,如果需要最新的临床数据,还是从官网下载临床数据。因为临床数据是不断变化的。
UCSC Xena功能基因组浏览器是集分析、可视化、Galaxy与一体的新一代在线数据分析和可视化平台。现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进行了标准化处理。因此不同的数据集之间可以组合比较。 热图的方式可以进行单基因和多基因的表达、突变、拷贝数变异、样品属性的关联展示。
UCSC Xena功能基因组浏览器是集分析、可视化、Galaxy与一体的新一代在线数据分析和可视化平台。现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进行了标准化处理。因此不同的数据集之间可以组合比较。 热图的方式可以进行单基因和多基因的表达、突变、拷贝数变异、样品属性的关联展示。
Cancer Genome Atlas:泛癌症基因组 The Cancer Genome Atlas:就是 TCGA 的全称,Atlas 古希腊的一个神 TCGA 官网User Guides and Help
将预测到的转录因子与基因输入到这两个框中,右侧可看到三个数据库,分别是TCGA Tumor(来自TCGA的肿瘤样本)、TCGA Normal(来自TCGA的正常样本)、GTEx数据库(来自GTEx的正常组织),可单选也可以多选,点击Plot进行分析,等待一会便会显示分析结果。 显示的分析结果如下:p值小于0.05表示具有统计学意义,R是相关系数,大于0表...
TCGA数据库的基因表达情况分析 TCGA数据库的基因表达情况分析 数据内容 TGGA、GTEX数据库下载的数据内容形式如下: A:样品 B:表达水平 C:样品类型(正常组织和癌组织) D:数据源 乳腺癌的基因表达情况 以乳腺癌为例: 筛选出ATGC的乳腺癌表达情况 在PISM软件中新建柱形图图表 列标题设置为primary(癌组织)和normal(...
例如我们输入STAD(TCGA当中的胃癌简写)。在显示 选择完之后,就会显示一个数据当中多少样本的一个条形图。 下一步就是来选择我想要分析的具体的结果了。 2.2 选择想要分析的变量 在分析数据选择方面的话,UCSC XENA还是主要基于某一个基因或者一段染色体区域来进行分析的,所以我们在使用UCSC XENA的分析的时候是需要要...