UCSC Genome Browser是由加州大学圣克鲁兹分校(UCSC)开发的基因组数据可视化与分析工具,主要用于基因信息检索、序列比对
UCSC基因组浏览器可以通过主要的UCSC网站(https://genome.ucsc.edu)访问,也可以通过我们在欧洲(https://genome-euro.ucsc.edu)和亚洲(https://genome-asia.ucsc.edu)的镜像站点访问。 这些镜像站点确保全球用户能够可靠且快速地访问UCSC基因组浏览器资源,服务于国际用户群体;每天服务超过7000名独特用户,估计年用户基...
进入UCSC主页(http://genome.ucsc.edu/),点击菜单栏上的Tools -> Table Browser进入Table Browser页面。 主要步骤: 1. Select dataset-选择适当的数据库。 在"clade" 下拉菜单中选择所需的生物类群(如哺乳动物),在 "genome" 下拉菜单中选择感兴趣的物种基因组,这里选择Human物种,在"assembly"下拉菜单中选择物种...
UCSC Table Browser可从基因组数据库(如refseq、ensemble等)下载数据,用户输入表格参数后,点击提交既可以批量得到所需要的基因bed文件和转录本序列等。本文将通过实际例子介绍怎么通过UCSC Table Browser下载基因的bed文件和转录本序列。进入UCSC主页(genome.ucsc.edu/),点击菜单栏上的Tools -> Table Browser进入Table ...
UCSC Genome Browser-基因组浏览器 在每一个基因的序列当中包含了很多基因特征性的信息,比如:[[SNP是什么东西?| 基因SNP信息]];DNA甲基化的CG信息或者[[转录因子调控]]的motif信息等等。但是如果只是查看基因序列的[[Fasta基因序列格式]]是看不出这些内容的。所以就需要一个综合性的查看基因序列特征的工具。这个...
在新界面找到“Regulation”将自己感兴趣的转录因子(或者也可以添加组蛋白修饰及其他调控元件)栏设置成“full”,点击“submit”后就会在GenomeBrowser的视图中添加显示组蛋白修饰或者转录因子的track。 过程是不是非常简单,但是要注意哦,这里只是列明ENCOOD数据库中不同样本在该基因序列上不同转录因子结合位点,自己实验样...
1.打开UCSC数据库网址:http://genome.ucsc.edu/ 2.选择Tools中的“Table Browser”则出现以下界面,以人的CCKBR基因为例。 首先,在clade中选择Mammal,genome中选择Human,assmebly中选择最新的数据库,track中选择RefSeq Genes,output format中选择sequence。
测序数据可视化 (三) - UCSC genomebrowser UCSC 在线基因组浏览器也可用来查看基因组数据,并且其上收集了ENCODE数据,重复序列数据,物种保守信息数据,MOTIF分布等信息,对于我们在公共数据中在线查看特定区域和基因的表达、修饰、保守性情况有很大的便利。 相比于其它基因组浏览器,UCSC genomebrowser的一个特色是可以展示...
【UCSC Genome Browser 】Genes and Gene Predictions - GENCODE GENCODE 是Sanger研究院维护的基因组功能注释数据库( https://www.gencodegenes.org),UCSC浏览器整合了这一数据库,方便研究人员对基因信息进行…
The Genome Browser, other tools, downloadable data files and links to documentation and other information can be found at http://genome.ucsc.edu/.doi:10.1093/nar/gkq963R. M. KuhnD. KarolchikA. S...