1.打开http://genome.ucsc.edu/ENCODE/ 2.选View ENCODE data (2003 - 2012) in the UCSC Genome Browser 3.界面中 Txn 一行选full 其实也可以随你选择
http://cistrome.org/db/#/数据库简单寻找蛋白已有的ChIP-seq数据 确定物种及所需要查询的蛋白,一般生物过程不操作,在限制条件中选择高质量的过滤条件,保证数据的可靠性,选择自己感兴趣的肿瘤类型进行观察 点击UCSC Browser,即可进入ucsc进行se...
点击ChIP-seqtest,进入到UCSC Genome Browser on Mouse (GRCm38/mm10)界面。 点击add custom tracks,上传自己的数据。 image.png
另外也可以展示比如Chip-seq这类测序数据结合位点。在UCSC 当中集成了[[ENCODE-转录调控必知数据库]]数据库当中的测序数据。所以就可以展示里面的测序结果。 点击ENCODE Regulation可以设置要展示哪些ENCODE的数据。其中包括了传统的几个组蛋白修饰的数据以及DNase的数据。 如果要查看转录因子的话。可以点击TF Chip进行设置...
“如何利用公共的数据库提前了解你所感兴趣的基因、转录因子或组蛋白修饰在基因promoter区的富集情况”。 Step1. 打开ENCODE网页 网址https://www.encodeproject.org/ 进去之后点击Get Started. Step2. 选择感兴趣的实验方法以及细胞系 这里我们选择的是ChIP-seq,种属选择Homo sapiens,细胞系选择的是HepG2,选择histon...
Tracks可以被隐藏，也可以有多种显示方式，因此我们可以挑选感兴趣的Tracks进行显示；同时，我们也可以将自己得到的基因组注释信息（如mRNA，CHIP-Seq结果等）作为customTracks上传。所有Track的分类和列表如下页所示。不同的物种，不同的基因组版本号，基因组浏览器中包含的Tracks种类也不一样，越完备的基因组，Tracks越...
可否来个“栗子”尝一尝?下面就以DUSP2为例,让小编带大家体验一下查找过程~ 首先在Genomes中选定物种及参考基因组版本,输入感兴趣的基因名称DUSP2,点击“GO”; 确认基因信息后点击进入GenomeBrowser界面,如图默认显示该段基因序列上的数据信息,并且可通过zoom out和zoom in缩放视图;...
息(如mRNA,CHIP-Seq结果等)作为customTracks上 传。所有Track的分类和列表如下页所示。 丌同的物种,丌同的基因组版本号,基因组浏览器中包含 的Tracks种类也丌一样,越完备的基因组,Tracks越多。 UCSCGenomesBrowser结果示例 Genome backbone Known genes
Tracks可以被隐藏，也可以有多种显示方式，因此我们可以挑选感兴趣的Tracks进行显示；同时，我们也可以将自己得到的基因组注释信息（如mRNA，CHIP-Seq结果等）作为customTracks上传。所有Track的分类和列表如下页所示。不同的物种，不同的基因组版本号，基因组浏览器中包含的Tracks种类也不一样，越完备的基因组，Tracks越...
180+ Java applications for analyzing next generation sequencing data from ChIPSeq, RNASeq, BisSeq, DNASeq, variant annotation/ filtering, alignment/VCF QC, capture array design, IGV/ DAS2/IGB/UCSC file manipulation, etc. Both GUI and cmd line interfaces....