tRNA具有丰富的转录后修饰,这些修饰为tRNA功能发挥所必须,然而却不利于tRNA测序文库的构建。此外,tRNA的3'端需与氨基酸偶联方能参与蛋白翻译,然而这些氨酰基末端会阻碍测序接头的连接。为了获得真实可靠的tRNA测序结果,康成生物采用由Arraystar公司开发的tRNA测序流程,很好的解决了tRNA测序文库构建中的问题(图1),并且...
但目前缺乏一种简单、稳健和高效的tRNA测序方法来系统地准确定量tRNA丰度及其修饰。 近日,西班牙巴塞罗那科技学院的研究团队在《Nature Biotechnology》上发表了题为“Quantitative analysis of tRNA abundance and modifications by nanopore RNA sequencing”的研究文章,介绍了一种基于纳米孔的天然tRNA测序方法——Nano-tRNAs...
Nano-tRNAseq方法实现的快速数据分析对临床决策至关重要。另一个优势是,该技术所需的纳米孔测序机体积小、重量轻,可由笔记本电脑或便携式电池供电,容易运输到偏远地区,并在现场或诊所使用。 研究人员指出,新方法也存在一些局限性,例如无法预测样本中的哪个tRNA修饰异常,除非之前已采用其他方法确定了tRNA的精确修饰。“...
本文作者开发了一种名为MLC-seq的基于质谱的tRNA从头测序手段,实现了对tRNA修饰的检测及修饰率定量。 高通量测序技术目前被广泛用于RNA的检测,但由于缺乏对多种RNA修饰通用的检测方法,因此在修饰丰富的tRNA上存在局限,并且对于一些部分修饰的...
(高通量RNA测序技术无法检测高度修饰或大量折叠的tRNA。)近日终于有慧眼识英雄的星探出现了,《Nature Methods》上发表的两篇文章提出,使用两种方法可以在cDNA文库制备前去除tRNA的修饰,因此解决了tRNA测序的技术难题。 在基因表达界展现低调的华丽 tRNA是保证基因表达翻译正常进行的守护者,tRNA与特定氨基酸结合,并将它们...
西班牙巴塞罗那科技学院的研究人员和他们的合作者开发了一种新方法,利用直接纳米孔测序技术研究转移RNA(tRNA)的丰度和修饰。 上个月发表在《Nature Biotechnology》杂志上的一项概念验证研究[1]描述了这种名为Nano-tRNAseq的方法,它说明了纳米孔测序在低成本和高通量分析tRNA方面的潜力。
Nature Methods:两篇文章聚焦tRNA测序 编辑推荐: 高通量RNA测序(RNA-seq)技术的使用让我们认识了细胞中无比精彩的RNA世界。然而,目前的方法无法检测高度修饰或大量折叠的RNA,如tRNA。近日,《Nature Methods》上的两种方法通过在文库制备前去除tRNA的修饰,解决了tRNA测序的技术难题。
事实上,不同细胞中tRNA基因的确切数量、特定库和相对表达水平仍有很大部分依旧未知。来自新开发的批量二代tRNA测序技术的数据表明,单个人类细胞可能有300-400个活跃转录的tRNA基因,但到目前为止,还没有可用的单细胞水平的tRNA丰度数据。 尽管如此,基于tRNA测序研究提供的越来越多的证据,研究者们提出了一个新的概念,...
Pan说,MSR-seq是芝加哥大学的专利,已被授权给一家位于马萨诸塞州剑桥市的HC Bioscience公司,以开发基于tRNA的治疗方法。Pan和他的合作者也即将成立一个独立的公司,将MSR-seq商业化为tRNA测序试剂盒,可以被研究人员广泛利用。 据Novoa说,Nano-tRNAseq的局限性之一是,该算法目前只能将tRNA修饰标记为寻基错误,因为它...
tRNA测序,约吗? 目前的方法无法检测高度修饰或大量折叠的RNA,如tRNA。近日,《Nature Methods》上的两种方法通过在文库制备前去除tRNA的修饰,解决了tRNA测序的技术难题。 高通量RNA测序(RNA-seq)技术的使用让我们认识了细胞中无比精彩的RNA世界。然而,目前的方法无法检测高度修饰或大量折叠的RNA,如tRNA。近日,《Nature...