Trim Galore是自动检测转录组数据adapter的质控软件。cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。 安装 conda install trim-galore 使用 trim_galore -q 20 --phred33 --stringency 3 --length 20 -e 0.1 \ --paired $di...
2.安装cutadapt cutadapt下载源代码:https://github.com/marcelm/cutadapt 1、conda 安装成功;但调用的时候一直出问题,也找不到原因,于是换成源码安装(捂脸。。) 2、尝试源码安装: git clone https://github.com/marcelm/cutadapt/ cd cutadapt chmod 777 setup.py python setup.py 然后就是遇到各种Python(报错...
安装 (rnaseq)root11:58:44~$ conda install-y trim-galoretrim-galoreCollectingpackage metadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment:done==>WARNING:Anewer version of conda exists.<==current version:4.9.2latest version:4.10.1Pleaseupdate conda by running $ conda update-n base-c defaults c...
mv TrimGalore-0.4.5/trim_galore /usr/bin 大概是说安装这个软件上之前需要安装Fastqc和cutadapt两个软件,Fastqc 使用conda 就可以安装。 3. cutadapt下载源代码:https://github.com/marcelm/cutadapt 安装: git clone https://github.com/marcelm/cutadapt/ cd cutadapt python setup.py build_ext -i 需要下载...