Motif(基序)是指DNA、RNA 或蛋白质序列中的特定模式,通常具有功能性,可以被特定的分子(如转录因子TF)识别和结合。在基因调控中,Motif常指转录因子结合位点(TFBS),是 TF 在 DNA 上识别并结合的特定序列模式。 Motif 的核心特征: 短序列(通常为 6-20 bp),是 TF 结合的识别位点 保守性(Conserved),不同物种可能共
这些方法严重依赖于实验测量或预测的转录因子结合信息,例如基序富集,因此其适用范围仅限于具有可用数据的转录因子。此外,目前的转录因子结合位点 (TFBS) 注释检测,例如染色质免疫沉淀结合深度测序 (ChIP-seq)、ChIP-exo 和 CUT&RUN,需要高...
基序的从头发现揭示了AtMYBs的首要、次要和其次富集的单体基序(图1E)。与PBM研究一致,当同一AtMYB存在多个单体基序时,它们通常非常相似。这与bZIP、C2C2-Dof和DREB等转录因子家族不同,在这些家族中,次要基序可能与主要基序存在显著差异。总体而言,从SELEX中得到的单体基序与DAP-seq基序高度一致(图1E和S1A)。尽管富...
此外,这种分析方法还可以缩小目标转录因子的范围,目前广泛应用于研究细胞重编程机制、染色质重塑因子、表观修饰对疾病的作用域以及T细胞耗竭等领域。📂 数据加载与基序Footprint分析: 在进行Footprint分析之前,首先需要加载数据。然后,通过Motif footprinting(基序Footprint分析)来寻找转录因子结合区域的特征。0 0 发表评论...
图4 拟南芥原生质体中TF家族的富集和Y1H候选基因的验证 3. TGA TFs与TGACG motifs相结合 作者将每个TGA基序突变为GTAATG,并通过Y1H实验检测与TGA9的结合,结果表明,ATG8B启动子中TGA motif的突变完全消除了TGA9对LUC的诱导,而野生型(WT)对照的诱导倍数为66倍(图5 (b))。同样,与WT对照的62倍LUC诱导相比,AT...
这证明:BATF直接结合并调节效应基因和记忆相关基因的表达,降低效应T细胞比例,可使T细胞更多的向中央记忆T细胞分化,从而提高肿瘤杀伤能力。c-Junc-Jun也是典型AP-1因子。AP-1-bZIP和bZIP-IRF结合基序在耗尽的CAR-T细胞中的富集是最显著的,不过BATF和IRF4转录因子的相对水平高于c-Jun。
虽然IRF4后几个峰很多读出数很低,可能代表非生理性BATF结合,但仍有一小部分显现出明显的结合BATF的位点(图6A,右;红色直方图中的肩部)。这种被BATF大量结合的IRF4峰富集了ETS家族蛋白序列和短G富集片段序列,对应了BATF过表达的肿...
作者选择bZIP家族成员TGA9作为初步候选进行进一步分析，因为该TF与ATG8B和ATG8E启动子结合，在原生质体中过表达时启动子具有较强的激活，并且在启动子内具有特征的结合基序。作者验证了TGA9与ATG8启动子结合，并表明TGA9通过与TGA基元结合激活ATG8B或ATG8E的表达。实验结果表明，TGA9被确认为自噬的正...
DoRothEA是一种包含转录因子(TF)与其靶标相互作用的基因集资源。一个TF及其对应靶点的集合被定义为调节子(regulons)。DoRothEA regulons 收集了不同类型的证据,例如文献,ChIP-seq peaks,TF结合位点基序以及从基因表达推断相互作用等。 image.png DoRothEA regulon可以与几种统计方法结合使用,从而产生一种功能分析工具,...
在高置信度注释(两个星号)或低置信度注释(一个星号)中;TF_highConf:根据“motifAnnot_highConfCat”注释到motif的转录因子;TF_lowConf:根据“motifAnnot_lowConfCat”注释到motif的转录因子;richedGenes:在给定基序上排名较高的基因;nErnGenes:排名靠前的基因数量;rankAtMax:在最大富集处排序,用于确定富集基因的...