蛋白质之间互作网络便是PPI网络,它有两种类型:1.几种蛋白质参与同一个生物学过程,这是间接互作。2.几种蛋白质组成同一个复合物,这是直接接触而互作(eg:蛋白质复合物;四级结构)共同作用结果是行使功能。 研究互作方法: Phylogenetic profile method:某些基因经常同时存在,则认为这些基因对应蛋白质互作。 Gene neighbo...
在同源建模预测蛋白质三维结构(SWISS-MODEL与Pymol的零基础教程)中,我们首先通过在线Swiss-model预测目标蛋白的三级结构,下载pdb文件,并从PDB数据库中找到同源蛋白结构。接着,使用Pymol软件处理pdb文件,通过设置颜色和标签,突出显示活性位点。对比分析时,我们打开多个同源序列,调整为球棍模型,并进行...
提交的蛋白结构与正常结构之间的差异,指标贼多,绿色多就当通过了。 4.errat 计算0.35nm范围之内,不同的原子类型对之间形成的非键相互作用的数目(侧链)。得分>85较好,晶体可达到95,一般来说结果在91以内。 5.prove 与预先计算好的一系列标准体积的差别,用z-score来表示,显示模版蛋白质与待测蛋白之间的匹配程度,...
选中三个活性位点,调整背景色,突出活性位点,添加标签。保存图片或复制至word文档。进行同源蛋白结构比对,调整背景颜色、突出活性位点。分析盐桥数量,使用ESBRI或VMD软件。在线提交序列,使用PIC网站分析氢键、Cation-pi、Aromatic、Hydrophobic相互作用。保存结果至excel表格。构建发育树,添加文本框对比蛋白分类...
1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用 蛋白数据库 1. pdb 数据库介绍 1.1 pdb蛋白数据库功能 1.2 pdb蛋白数据可获取资源 1.3 pdb蛋白数据库对药物研发的重要性 2.pdb 数据库的使用 2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载 2.2 靶点蛋白结构...
研究对象模型获取 教学目标:如何确立研究对象,熟悉蛋白数据库的使用,如何对研究对象建模。5 模型文件的预处理 5.1 模型来源简介 5.2 蛋白文件简介 第二天 时间课时内容主要知识点 AM 9:00~9:50五. 研究对象模型构建 教学目标:熟悉模型预处理流程,掌握输入文件的编写,能够独立完成体系动力学之前的准备工作。6 ...