3.结果如下图，数出Distance小于4的Resident，即得出盐桥数量。4.若分析盐桥数量过多，没有办法数清楚，...
１）质量评估：其中相似度值，即的序列同源性（ sequence identity ）经比对后结果在40% 以上，则待预...
2.Final Total Energy: -5998.126 KJ/mol这个能量是高还是低 一般要多少 3.提交到uclq-doe进行...
④评估模型质量,并根据苹果结果重复以上过程,直至模型质量合格。 工具介绍( SWISS-MODEL ) SWISS-MODEL是一款用同源建模法预测蛋白质三级结构的全自动在线软件。SWISS-MODEL中一共有三个工作方式:First Approach mode:Alignment Interface mode:Project(Optimise)mode: 预测效果(使用范围) 如果目标序列与模板序列一致度极...
如果swissmodel预测结果不可用或评分不好,用iTASSER重新预测。 2.折叠识别(穿线法) 网站:iTASSER 原理:不相似的氨基酸序列也可以对应着相似的蛋白质结构。 补充说明:已知的蛋白质结构有十几万个,但其所具有的不同的结构拓扑只有1393个,也就是说,所有结构都落在这1393个拓扑内!因此,选择匹配能量最低的拓扑。
大约过了3min,服务器即返回了分析结果(如图8)。所有结果整合在一张Web页面上,包括建模结果(如图9)、比对结果(如图10)、模型评价(如图11)等几个部分。 (图9SWISS-MODEL返回的human insulin建模结果,服务器自动选择的参考蛋白是PDB:1msoB,目标蛋白human insulin Swiss-prot:P10308与参考蛋白的同源性为100%。从该页...
分析盐桥数量，使用ESBRI或VMD软件。在线提交序列，使用PIC网站分析氢键、Cation-pi、Aromatic、Hydrophobic相互作用。保存结果至excel表格。构建发育树，添加文本框对比蛋白分类。利用Phyre网站预测3D结构，调整Fancy Helices。保存或复制图片。进行溶剂可及表面图绘制，调整颜色突出活性位点。构建结构分析报告，包括...
- 在Pymol中打开序列，进行活性位点比对，调整颜色和透明度，添加标签，保存结果。10. 溶剂可及表面分析：- 使用Pymol软件生成溶剂可及表面图，调整颜色，选择活性位点，生成目的序列的溶剂排除表面图，对比同源序列。11. 冷适应结构分析：- 根据文献搜索目的基因的中温酶或高温酶序列，进行序列比对，标记...
首先声明一下，以下纯属个人观点，方法步骤仅供参考，不可作为规范标准，结果出来之后请自行分析结果。我用的是SWISS-MODEL同源建模的方法进行的蛋白质高级结构预测，其实这个方法是有限制条件的，不过作为一个选修课作业，我们不用深入探究，所以有时不够严谨，大家知道就行！对于一个未知结构的蛋白质，白质建立结构模型...