StringTie 作为一款功能强大的基于比对的转录组定量分析工具,以其高效的转录本组装、准确的定量分析和灵活的使用方式,在生物医学研究中发挥着重要作用。StringTie 在 Galaxy 生信云平台(usegalaxy.cn)上也有集成。对于生物或医学相关的本科生以及一些没有深厚生物信息学背景的科研人员来说,Galaxy 平台提供了极大的便利。
stringtie的使用 StringTie是一款用于组装和分析RNA-seq数据的软件,它可以组装基因和转录本,并估计每个转录本的表达量。以下是StringTie的使用方法: 1.安装:首先需要安装StringTie软件,可以从其官方网站下载源代码编译安装,也可以使用包管理器安装。 2.准备数据:StringTie需要输入bam格式的基因组位置排序的RNA-seq数据,...
StringTie 使用说明: stringtie <input.bam ..> [-G <guide_gff>] [-l <label>] [-o <out_gtf>] [-p <cpus>] [-v] [-a <min_anchor_len>] [-m <min_tlen>] [-j <min_anchor_cov>] [-f <min_iso>] [-C <coverage_file_name>] [-c <min_bundle_cov>] [-g <bdist>] [-u]...
stringtie--merge \-o assembly.gtf \-p20\-Ghg19.gtf \ sampleA.gtf sampleB.gtf 在合并的非冗余转录本中,采用MSTRG加数字编号对基因和转录本进行编号,示例如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 gene_id"MSTRG.2"transcript_id"MSTRG.2.2" 本质上,stringTie只提供了转录本水平的表达量,...
stringtie使用 什么是StringTie? StringTie是一种基于位点拼接的RNA-Seq转录组组装工具。它可以将原始的测序数据转换成基因转录本的表达矩阵,并用于发现新的转录本、鉴定不同表达和可变剪接事件。 为什么要使用StringTie? 在进行转录组组装和表达定量分析时,我们需要将测序数据转化为基因的表达矩阵。而StringTie通过优化对...
-A <gene_abund.tab>: 基因丰度将在给定名称的输出文件中报告(以制表符分隔的格式)。 -C <cov_refs.gtf>: StringTie输出一个给定名称的文件,其中包括提供的参考文件中所有被读数完全覆盖的转录本(需要-G)。 -a <int>: 没有拼接的读数与之对齐,且两边至少有这个数量的碱基的连接点将被过滤掉。默认值:10 ...
我们需要用到samtools,如果没有的话,需要先安装: 使用的时候记得激活一下环境。 我们先了解一下获得的sam数据,使用代码查看文件: 接下来等待结果即可! 格式转化成功后就可以进行下一步分析了! 小果今天就分享到这里,下期不见不散! 欢迎使用:云生信 - 学生物信息学 (biocloudservice.com) ...
使用conda安装stringtie的步骤如下: 打开终端或命令提示符: 确保你已经安装了conda,并可以访问终端或命令提示符。 输入conda安装命令,指定stringtie软件包: 在终端或命令提示符中输入以下命令来安装stringtie: bash conda install -c bioconda stringtie 这条命令会从bioconda这个conda频道安装stringtie。 执行安装命令,等待...
StringTie 使用说明: stringtie <input.bam ..> [-G <guide_gff>] [-l <label>] [-o <out_gtf>] [-p <cpus>] [-v] [-a <min_anchor_len>] [-m <min_tlen>] [-j <min_anchor_cov>] [-f <min_iso>] [-C <coverage_file_name>] [-c <min_bundle_cov>] [-g <bdist>] [-u...
以下是一个使用StringTie进行转录本组装和表达量化的示例: stringtie -G reference.gtf-o output.gtf-Agene_abundances.txtaligned_reads.bam AI代码助手复制代码 该命令将使用参考基因组的GTF文件进行转录本组装,并将结果输出到output.gtf文件中。同时,基因表达水平将保存到gene_abundances.txt文件中。