STRING数据库(https://cn.string-db.org/)是一款用于分析蛋白与蛋白相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)的常用公共数据库,是一个综合性的在线分析平台。该数据库不仅整合了部分实验验证的结果,亦包含部分经计算预测所得结果,在研究蛋白质功能,不同蛋白之间的相互作用及联系等方面具有重要价值。 Cytoscape是一款...
常用网站介绍|蛋白互作数据库STRING 是一个用于检索已知蛋白和预测蛋白之间相互作用的数据库,包含实验数据、来源于PubMed的结果、其他数据库的数据以及利用生物信息学的方法预测的结果,信息全面可靠,是研究蛋白质功能和互作的重要工具。 进入官网(https://cn.string-db.org/),目前数据库已收录12535个物种,59.3million个...
String数据库(https://string-db.org/)是目前数据量最丰富、应用最广泛的研究蛋白质相互作用的数据库之一。目前,String数据库已更新到Version 11.5版本。收录了超过14000个物种、6千多万种蛋白、200多亿个相互作用的信息。这些蛋白质相互作用既包括直接的物理作用,也包括间接的功能相关性。通过STRING数据库,我们可以很...
研究蛋白之间的相互作用网络,有助于挖掘核心的调控基因,目前已经有很多的蛋白质相互作用的数据库,而string绝对是其中覆盖的物种最多,相互作用信息做大的一个,网址如下 https://string-db.org/ 该数据库的最新版本为version 10.5, 更新于2017年5月14号,存储了2031个物种,9643763种蛋白,共1380838440个相互作用的信息。
数据库链接:https://cn.string-db.org/ 教程链接: 《如何进行基因、蛋白互作网络分析?》 2. GeneMANIA GeneMANIA是一个可轻松获得优质PPI网络图的交互化网站。用户给定单个或多个查询基因后,即可生成互作关系网络。目前支持9个物种,数据收集来自GEO、BioGRID、IRefIndex、I2D以及生物体特定的功能基因组学等大型、...
在STRING数据库中提交基因,获取PPI网络是比较常规的操作,包括下游使用cytoscape进行美化和hub网络的提取,但过程还是比较麻烦,本期介绍通过R语言来挖掘STRING数据库 1. 效果展示 通过利用差异分析结果,使用STRINGdb包挖掘蛋白交互关系,使用visNetwork构建互作网络,并利用RPubs将网络上传至服务器,实现蛋白互作网络的交互式可视...
关于获取基因的互作基因,StringDB是一种常用的在线数据库。它提供了基因与基因之间的互作关系,并且可以对这些关系进行可视化和分析。本文将一步一步回答有关如何使用StringDB来获取基因的互作基因的问题。 第一步:进入StringDB网站 要使用StringDB获取基因的互作基因,首先需要进入StringDB的官方网站。可以在浏览器中搜索...
info <- string_db$get_interactions(hit) image.png 最后将info数据库输出到txt文件中,然后再导入cytoscape即可作图了 Summary Stringdb包还提供了聚类功能,可将复杂的互作网络图分割成几个小块(官网也有这个功能的),还有GO/KEGG富集功能(个人感觉其他的包做的更好,毕竟stringDB包只是基于string数据库的,信息不够...
网址: STRING(https://string-db.org/) 2. GeneMANIA GeneMANIA 是一个灵活且用户友好的工具,用于预测基因功能和构建基因相互作用网络。它通过整合多个来源的数据(包括基因共表达、蛋白质-蛋白质相互作用、遗传相互作用、通路、物理相互作用等),帮助研究人员找到与输入基因相关的基因。