用户可以通过STRING数据库的官方网站(https://string-db.org/)访问该数据库,并使用搜索工具输入感兴趣的蛋白质或者基因的名字,将会得到与查询结果相关的蛋白质相互作用网络和其他相关信息,而用户也可以上传自己的数据集进行网络分析。 可以利用蛋白的名称,序列等多种格式进行检索,输入基因sysmbol 也是可以的。对于单个...
研究蛋白之间的相互作用网络,有助于挖掘核心的调控基因,目前已经有很多的蛋白质相互作用的数据库,而string绝对是其中覆盖的物种最多,相互作用信息做大的一个,网址如下 https://string-db.org/ 该数据库的最新版本为version 10.5, 更新于2017年5月14号,存储了2031个物种,9643763种蛋白,共1380838440个相互作用的信息。
蛋白质相互作用网络分析。STRING是收录多个物种预测的和实验验证的蛋白质-蛋白质互作的数据库,包括直接的物理互作和间接的功能相关。百泰派克生物科技使用STRING数据库,结合差异表达分析结果和数据库收录的互作关系对,分析差异表达蛋白互作网络。#蛋白质相互作用 #网络分析 #质谱 #生物实验 #生物学 ...
具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可能的潜在相互作用,并构建了蛋白质相互作用网络表示出来,目的是描述这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、...
我们可根据需要进行个性化的调整,互作网络图默认的线的含义为evidence,也可以更换为confidence—蛋白质间相互作用越强连线越粗。 第二个为active interaction sources—数据的来源。STRING数据库中蛋白的相互作用关系包含实验数据、PubMed摘要文本中挖掘的数据、数据库数据,以及利用生...
本节就让小编带大家认识STRING数据库的蛋白质相互作用(PPI)网络分析,以下简称PPI网络。类似地,以给定的一串基因名称列表为例进行搜索。 1、准备输入数据 假设我们同样基于表达谱数据获得了一些差异表达的基因列表,现在有待于识别这些基因间的关系。考虑到编码基因发挥作用的最终形式是以蛋白功能实现的,因此就通过STRING数...
STRING数据库简介STRING（Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins）是一个在线的生物信息学数据库，旨在提供基因和蛋白质相互作用的信息。该数据库整合了多种数据来源，包括实验室实验、文献报道和计算预测，以提供全面的相互作用网络。STRING数据库还提供了许多工具和功能，例如基因和蛋白质注释、...
STRING数据库整合了多种实验和计算方法生成的PPI数据,提供了更全面的PPI网络信息。 PPI网络分析通常包括网络图的构建和网络特性的分析。网络图由节点和边组成,其中节点代表蛋白质,边表示蛋白质之间的相互作用。网络构建可以基于已知的实验数据或计算机预测结果。网络特性分析包括节点度数、网络连通性、模块化等指标的计算...
STRING数据库是一个常用的蛋白质-蛋白质互作(PPI)数据库,但它只包含了一部分已知的生物物种。 如果你的目标物种(如蓝莓)不在STRING中,你可以尝试以下方法来绘制蛋白质相互作用网络图: 1.基于同源性的预测: 如果某些与蓝莓相近的物种在STRING或其他数据库中有已知的蛋白质相互作用信息,你可以使用这些信息来预测蓝莓...
在转录调控相关的文献中,我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可...