## 进行 reads 比对STAR--twopassMode Basic \--quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts \--runThreadN6\--genomeDir index_dir \--alignIntronMin20\--alignIntronMax50000\--outSAMtypeBAMSortedByCoordinate \--sjdbOverhang149\--outSAMattrRGlineID:sampleSM:samplePL:ILLUMINA\--outFilterMismatchNmax2\--ou...
--twopassMode Basic:使用two-pass模式进行reads比对。简单来说就是先按索引进行第一次比对,而后把第一次比对发现的新剪切位点信息加入到索引中进行第二次比对。 --quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts:将reads比对至转录本序列。 --runThreadN:线程数。 --genomeDir:索引目录。 --alignIntronMin:最短的内含子...
samtoolsview sample_Aligned.sortedByCoord.out.bam |head -n 5 2、结果内容: Aligned.sortedByCoord.out.bam:reads比对到基因组的位置; Aligned.toTranscriptome.out.bam:reads比对到转录本的位置; Log.final.out:统计了比对情况的信息,是非常重要的结果; SJ.out.tab:splice junctions的一些信息,其中需要注意的...
第二次听说则的由于Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis这篇发表于2017年的文章,主要是针对转录组各个分析流程的不同分析工具的比较,里面针对mRNA的比对方法总结了基于参考基因组的三款比对软件:TopHat,STAR和HASAT2。其中讲到STAT相比较其他...
2、结果内容: Aligned.sortedByCoord.out.bam:reads比对到基因组的位置; Aligned.toTranscriptome.out.bam:reads比对到转录本的位置; Log.final.out:统计了比对情况的信息,是非常重要的结果; SJ.out.tab:splice junctions的一些信息,其中需要注意的是:对于junction的位置信息,STAR则是按照intron的起始和终止位置来定...
第二次听说则的由于Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis这篇发表于2017年的文章,主要是针对转录组各个分析流程的不同分析工具的比较,里面针对mRNA的比对方法总结了基于参考基因组的三款比对软件:TopHat,STAR和HASAT2。其中讲到STAT相比较其他...
outFilterScoreMinOverLread0.33\--outFilterMatchNminOverLread0.33\--limitSjdbInsertNsj1200000\--outFileNamePrefix${out_dir}/${i}\--outSAMstrandFieldintronMotif\--outFilterIntronMotifsNone\--alignSoftClipAtReferenceEndsYes\--quantModeTranscriptomeSAM GeneCounts\--outSAMtypeBAM SortedByCoordinate\--...
STAR--twopassMode Basic--quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts--runThreadN6--genomeDir index_dir--alignIntronMin20--alignIntronMax50000--outSAMtype BAM SortedByCoordinate--sjdbOverhang149--outSAMattrRGline ID:sample SM:sample PL:ILLUMINA--outFilterMismatchNmax2--outSJfilterReads Unique--outSAMmult...
There are two ways to run STAR-Fusion. The typical case is that you're staring with FASTQ files. Alternatively, in the context of a more comprehensive transcriptome analysis pipeline leveraging STAR and the human genome from our CTAT genome lib, you may have a 'Chimeric.junction.out' file ...
1)Aligned.toTranscriptome.out.bam 2)ReadsPerGene.out.tabPART6 2-pass mapping为了能准确发现新的剪切位点,力推使用STAR的 2-pass mode。 这并不是说增加检测的新剪切位点的数目,而是增强了检测到可变剪切reads比对到新剪切位点的能力。(即通过reads比对从而发现新的剪切位点) It does not increase the ...