简单重复序列 SSR(Simple Sequence Repeats)是完美的或略不完美的特殊k-mer的串联重复。 1-12bp的简单序列致复称为微卫星.13-500bp的被称为小卫星序列。 人类基因组中最常见的重复序列是:AC/AT/AG 在人类基因组测序的过程中,会出现的一种基本的错误是组装的错误,就是由多拷贝的重复DNA片段或是基因组的重复...
关键词:玉米,种质资源,吉林,SSR,SNP,分子身份证 Abstract: 【Objective】 Crop germplasm resources hold a crucial strategic position. The Maize Germplasm Resources Bank in Jilin Province safeguards a collection of germplasm resources distinctively representative of the Northern Spring Maize Region. Traditional...
已有的分子身份证构建方案通常只涉及单一分子标记,无法发挥SSR 和SNP 标记各自的优势,导致得到的结论存在一定的局限。 本研究先通过SSR 标记以较低代价快速地筛选异质性种质,发挥SSR 标记多态性丰富、直观的优势,再构建SNP 分子身份证与SSR 分子身份证联合分析,发挥SNP 标记数量多、全基因组覆盖密集,分型准确的优势,...
核心种质资源吉754与农家品种郑白1在前十个SSR位点指纹图谱的对比 为2 918份种质资源构建了SSR分子身份证,为除异质性种质外的2 502份种质资源构建了SNP分子身份证。分别制定了玉米种质资源SSR和SNP分子身份证的建设规范。其中,SSR分...
微卫星序列(microsatellite)或SSR(simple short repeat)是最具长度变异的基因组序列之一;SNP (single nucleotide polymorphism)是基因组序列中能在种系间稳定遗传的具有多态性的同一位点的单核苷酸.基于这两类序列开发的分子标记是目前最流行的进行生物基因组组装、基因发现、遗传图谱构建、基因功能研究、性状定位和分子育种...
(3)两种标记位点鉴定样品杂合率、亲子关系方面结果是一致的,样品杂合率均介于0.4～0.6之间,平均杂合率分别为0.525和0.514;SNP数据显示符合亲子关系位点百分比介于95.2%一99.9%之间,SSR数据显示符合亲子关系位点介于36～40个之间。综上所述,SSR和SNP两种标记在数据完整性、区分品种能力、位点稳定性等方面差别较小。关键...
本研究利用转录组测序技术对李府贡枣不同处理果实进行转录组测序和数据组装,通过分析其特征为SSR和SNP标记的开发和利用提供生物信息学基础,同时为枣遗传结构和遗传分化以及构建遗传图谱奠定基础,也将为其功能基因的开发利用、比较基因组学的研究等提供依据。 1材料与方法 1.1研究材料 材料取自安徽省农业科学院园艺研究所...
基于转录组测序的红萍SSR和SNP特征分析 Copyright©博看网. All Rights Reserved.
利用MaizeSNP3072芯片分析后发现,104个 多态性SNP位点可以将157株个体进行精细排序,背景回复率在51.92%～93.75%。比较SSR和SNP标记的背景选 择结果,两种标记呈中等程度相关。在回交早代将SSR和SNP标记结合使用进行背景选择,可以实现大群体严选 择,提高选择效率。 关键词:玉米;分子标记辅助背景选择;SSR;SNP 中图分类...
本文简要综述了国内外近两年微卫星标记(SSR)和单核苷酸多态标记(SNP)在动物育种研究包括遗传多样性,品种鉴定及血缘分析,遗传图谱构建,标记辅助选择中的应用进展,以期为我国畜禽分子育种的深入发展提供借鉴.其中遗传多样性的研究主要是利用SSR,我国对各种畜禽大部分品种群体遗传结构的研究已经趋于完成,这有利于更好的保护和...