在日常使用中,很多人容易将SNV与SNP(single-nucleotide polymorphism,单核苷酸多态性)混淆,认为这二者等同。其实不然。 1)SNP,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是针对“群体”而言的,在群体中应占有一定的比例,如>1%。此外,通常所说的SNP是指由单个碱基的转换或颠换所引起。比如...
合并snp与indel: gatk MergeVcfs -I test.indel.filter.vcf -I test.snp.filter.vcf -O test.filter.snps_indels.merge.vcf 注意:这一步软件只会在vcf文件中标记出符合标准的位点,并不会过滤掉不符合的位点,想要只保留符合的位点信息,需要以下命令: gatk SelectVariants -R ref.fna -V test.filter.snps_i...
Sentieon软件在二代测序中SNP/Indel变异检测流程已非常成熟，并以其检测准确性高和检测速度快而广受业内人士认可。近日，Sentieon推出了DNAscope LongReads分析流程，深度改进DNAscope流程，加入Sentieon分型（Phasing）模块，高速准确分析PacBio HiFi数据进行SNP/Indel检测。DNAscope LongReads运算效率高，速度相比开源软件有...
SNP抽穗期是水稻的一种重要农艺性状,但其遗传控制机理还不清楚。本文利用数据库搜索的方法,搜索并分析了30个与拟南芥光周期调控途径花期控制基因同源的水稻基因。利用水稻多态性数据库,得到了发生在这些基因以及Hd6、Ehd1、OsSOC1上的820个SNP及191个InDel位点。分析表明,这些位点不是平均分布到每个基因上。SNP/InDel...
1.4、SNP、Indel注释 ##SNP注释 java -Xmx4g -jar /ipm1/hang/pl/program/snp_indel_snpeff/snpEff/snpEff.jar -c /ipm1/hang/pl/program/snp_indel_snpeff/snpEff/snpEff.config -ud 2000 -csvStats maizesnp.csv -htmlStats maizesnp.html -o vcf maizev4 maize.snp.filed.vcf > maize.filtered....
特定基因组区段的序列获取 ——— 找了一周方法,无意中发现了这个,因此做个记录,懂得生信分析的同学可以利用primerdesign这个工具,直接接在snp/indel分析下游,会自动设计好引物。
在SNV/indel鉴定方法中，删除PCR重复以降低假阳性，重新比对以识别indel。Smith-Waterman算法在处理局部相似性时特别有效，允许在序列中存在插入、删除和错配的情况下找到最佳匹配。对于Indel区域比对不准确的原因，打分规则的设置通常考虑进化成本，但实践中可能导致错误的比对结果。确定需要重新比对的区域以及...
本文介绍如何使用lastz软件对两条序列进行比对并分析SNP和indel的操作。首先，需要通过conda安装lastz和multiz。选择拟南芥的基因组作为测试案例。运行脚本，四个主要参数依次为输出文件夹、比对的目标基因组序列id、查询的基因组序列id、以及需要比对的基因组。注意，目标和查询序列id不能相同，否则会出现错误。
GWAS数据分析流程—SNP、Indel注释 1、snpeff 1.1、snpeff软件下载 wget https://http://doc.wendoc.com/versions/snpEff_latest_core.zip unzip snpEff_latest_core.zip cd snpEff 解压后即可使⽤。 1.2、在snpeff⽂件夹下新建⼀个命名为data的⽂件夹,data⽂件夹下⾯再新建⼀个要⽣成数据库...
不同鸡种BF1基因SNP和Indel 比对分析 1091 表3 不同鸡种BF1基因外显子1、2、3上SNP及对应氨基酸变化 Table3 ThechangesofSNPandcorrespondingaminoacidinBF1geneexon1ꎬexon2ꎬexon3ofdifferentchickenbreeds 外显子1 外显子2 外显子3 品种 单核苷酸突变 位置 氨基酸 单核苷酸突变 位置 氨基酸 单核苷酸突变...