Smart-seq2建库技术流程图 三、技术优势 (1)模板起始量低:1-1000个细胞或10pg-10ng total RNA即可作为起始模板,进行高效扩增; (2)转录本覆盖度高:通过双端引物扩增全长cDNA,获得全转录组信息,避免3端和5端偏好性,产物完整性好; (3)检测灵敏度高:大幅度增加了低表达基因的检出量 (4)碱基分辨率高:可达单碱...
另外,可以明显发现基于全长测序方案的 Smart-seq 较 UMI,外显子区域的 reads 更多,其中 smart-seq2 有 48% 的 reads 比对到外显子区域(如下图)。这表明 Smart-seq2(48% reads 比对到外显子)和 Smart-seq(30% reads 比对到外显子)较 UMI 方案(均低于 15% reads 比对到外显子)有更好的测序质量。
Smart-seq2技术有较好的覆盖范围,可检测到稀有转录本,无需额外的专业设备,应用范围较广,可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题,是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具,极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。 技术优势: (1)起始量低:1-1000...
Smart-seq2的引物设计更加精确,可以更好地应对低质量RNA样本,并且在捕获基因表达信息时表现更为灵敏。 技术特点: 1.全长转录本测序:Smart-seq2使用全长转录本测序的方法,使得可以获取细胞中每个基因的完整转录本信息,而不是只关注特定区域。这有助于更准确地了解单细胞的基因表达谱。 2.高灵敏度:引物设计的改进...
1.Smart-seq2: 由于Smart-seq2可以获得全长转录本的信息,因此在数据分析时可以更准确地进行基因表达量的计算和剪接变异的分析。然而,由于样本处理的复杂性,Smart-seq2的数据分析流程相对较为复杂。 2.10X技术: 由于10X技术只能获得转录本的3'端信息,因此在数据分析时需要进行更多的处理,如基因表达量的估计和剪接变...
Smart-seq2建库流程 优缺点 优点: 以全长mRNA建库,对转录本覆盖度很高,能够知道每个外显子的表达量,甚至可以获取转录本剪接的信息 (号称)50pg RNA起始建库 提高了可mapping reads的比例,因为较少存在Drop-seq那种空液滴,无细胞的情况 mRNA sequence does not have to be known(?我觉得没有几种大规模测序需要...
Smart-seq2技术有较好的覆盖范围,可检测到稀有转录本,无需额外的专业设备,应用范围较广,可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题,是在单细胞水平研究基因表达强有力的...
Smart-seq2是目前最常用的单细胞转录组技术,最低能够以单个细胞或10pgRNA为模板,通过设计Oligo(dT) VN Primer作为逆转录引物,利用逆转录酶的模板转换(Template-switching)活性,在cDNA的3’端添加一段接头序列,通过该接头序列进行后续PCR扩增,可以获得全长cDNA扩增产物,进行基因表达检测、差异分析、可变剪接、融合基因等...
与其他单细胞技术如CEL-seq2/C1、Drop-seq、MARS-seq和SCRBseq相比，Smart-seq2在基因检测的稳定性与灵敏度上均占据优势，特别是在多细胞分析中，Smart-seq2能检测到更多的基因，而MARS-seq的drop out概率则最低，这再次证明了Smart-seq2在单细胞转录组研究中的重要地位。