Seurat可以利用PercentageFeatureSet计算线粒体基因比例并添加到meta.data,但是我们在使用 sce[["percent.mt"]] = PercentageFeatureSet(sce, pattern = "^MT-") 计算线粒体比例时,会遇到结果为0的情况。 其可能是由于比对时使用的gtf文件线粒体基因为非MT-开头。 NCBI线粒体基因名称 Ensembl线粒体基因名称 那...
这样就可以可视化我们计算好的线粒体基因含量,下图可以看出需要最起码的过滤。 一般来说,这个过滤起码得是线粒体基因含量占比25%以下的细胞才保留,当然也得考虑到生物学课题啦。 第二种方法 上面的方法是修改sce[["percent.mt"]] ,下面我们演示 AddMetaData 函数,同样是可以增加线粒体基因含量信息到我们的seurat...
Step1:计算线粒体(或者其他基因)的表达比例 这里我们以线粒体基因为例。拟南芥基因组中(TAIR10)的线粒体基因为ATMG开头,因此我们可以用正则表达式“^ATMG”来匹配拟南芥中所有线粒体基因。如果是人类,线粒体基因则以MT-开头,小鼠以mt-开头。我们提供了两种基因检索方式: 正则匹配,匹配线粒体基因等具有特定模式...
使用PercentageFeatureSet()函数计算线粒体QC指标 使用所有以MT-开头的基因作为一组线粒体基因 #向pbmc新增一列percent.mt数据 pbmc[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(pbmc, pattern = "^MT-") QC指标储存在哪? 每个细胞基因数和总分子数在建立seurat对象时就已经自动计算好了。 #展示前5个细胞的QC...
上面的方法是修改sce[["percent.mt"]],下面我们演示 AddMetaData 函数,同样是可以增加线粒体基因含量信息到我们的seurat对象。 代码语言:javascript 复制 mt.genes<-rownames(sce)[grep("^MT-",rownames(sce))]C<-GetAssayData(object=sce,slot="counts")percent.mito<-Matrix::colSums(C[mt.genes,])/Matr...
Step1:计算线粒体(或者其他基因)的表达比例 这里我们以线粒体基因为例。拟南芥基因组中(TAIR10)的线粒体基因为ATMG开头,因此我们可以用正则表达式“^ATMG”来匹配拟南芥中所有线粒体基因。如果是人类,线粒体基因则以MT-开头,小鼠以mt-开头。我们提供了两种基因检索方式: ...
读取到线粒体基因组的百分比:低质量/死细胞通常表现出广泛的线粒体污染,以mt-或MT-开头的基因为线粒体基因 # The [[ operator can add columns to object metadata. This is a great place to stash QC stats pbmc[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(pbmc, pattern = "^MT-") ...
Cell doublets 或 multiplets 可能表现出异常高的基因计数 每个细胞中检测到的分子总数 线粒体基因含量比例 低质量或者死亡细胞含有很高的线粒体基因 使用PercentageFeatureSet()计算线粒体QC比例 MT-开头的基因是线粒体基因 代码语言:javascript 复制 # The[[operator can add columns to object metadata.This is a...
Cell doublets 或 multiplets可能表现出异常高的基因计数 每个细胞中检测到的分子总数 线粒体基因含量比例 低质量或者死亡细胞含有很高的线粒体基因 使用PercentageFeatureSet()计算线粒体QC比例 MT-开头的基因是线粒体基因 # The [[ operator can add columns to object metadata. This is a great place to stash...
上面的方法是修改sce[[“percent.mt”]],下面我们演示 AddMetaData 函数,同样是可以增加线粒体基因含量信息到我们的seurat对象。 mt.genes <- rownames(sce)[grep("^MT-",rownames(sce))] C<-GetAssayData(object = sce, slot ="counts") percent.mito <- Matrix::colSums(C[mt.genes,])/Matrix::col...