1.安装Seurat时部分依赖包未安装成功 # 使用Bioconductor安装Seurat if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install() install.packages("Seurat") 【逐个安装未安装成功依赖包】
1.2 分析R包安装 # 选择清华镜像安装 options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("dplyr") BiocManager::install("Seurat") BiocManager::install("patchwork") BiocManager::install("ggplot2") 2. 数据预处理 2.1 构建单...
1. 数据与R包准备 数据下载：下载单细胞RNA测序数据集，例如2700个10X单细胞外周血单核细胞数据集。 R包安装：在RStudio中安装Seurat分析所需的R包，例如Seurat 4.0。2. 数据预处理 构建单细胞Seurat对象：使用Read10X函数读取数据集，构建包含独特分子识别计数矩阵的单细胞Seurat对象。 单细胞数据质控...
Seurat分析流程入门 1. 数据与R包准备 以下代码在RStudio中实现，Seurat 4.0。1.1 PMBC数据下载 下载2700个10X单细胞-外周血单核细胞（PBMC）数据集。1.2 分析R包安装 2. 数据预处理 2.1 构建单细胞Seurat对象 Read10X函数读取，返回独特的分子识别（UMI）计数矩阵。矩阵中的行值表示每个功能（即...
选择base下载最新版本的R,或者选择contrib选择其他版本的R,这里直接选择下载最新的4.0版本,注意软件的安装路径不能有中文。 图4 选择下载R的版本 双击.exe文件安装软件,一直点下一步就可以。 二、RStudio下载和安装 RStudio下载地址: https://rstudio.com/products/rstudio/download/#download ...
需要自行下载安装一些必要的R包,主要是scRNAseq,然后是其它一些辅助包用来探索这个数据集。 if(!requireNamespace("Rtsne"))install.packages("Rtsne")if(!requireNamespace("FactoMineR"))install.packages("FactoMineR")if(!requireNamespace("factoextra"))install.packages("factoextra")if(!requireNamespace("BiocMa...
可以用hisat2+featureCounts进行操作;或者如果不想比对的话,也可以用salmon进行操作配置conda1#安装conda2wget https://mirrors.tuna./anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh3bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh4#激活5source ~/.bashrc67#添加镜像8cond...
library(devtools)install_github("velocyto-team/velocyto.R")library(velocyto.R) 未完待续 欢迎关注~ 参考: https://velocyto.org/velocyto.py/tutorial/cli.html#running-velocyto http://velocyto.org https://doi.org/10.1038/s41586-018-0414-6
安装R 包 依赖ggunchull包,没有的话需要先安装: # if not install ggunchull # devtools::install_github("sajuukLyu/ggunchull", type = "source") # install.packages('devtools') devtools::install_github('junjunlab/scRNAtoolVis') library(scRNAtoolVis) ...
1# 安装conda 2wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 3bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 4# 激活 5source ~/.bashrc 6 7# 添加镜像 8conda config --add channels r 9conda config --add channels conda-forge10conda config --add...