# 解决措施sudo yum install centos-release-scl sudo yum installdevtoolset-9 sclenabledevtoolset-9 bash ②部分包安装报错:C++17 standard requested but CXX17 is not defined,如RcppAnnoy。 # 解决措施,首先需要在主目录下创建.R文件夹 vi ~/.R/Makevars CXX17 = g++ -std=c++17 -fPIC ③部分包安装报错...
1.2 分析R包安装 # 选择清华镜像安装 options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("dplyr") BiocManager::install("Seurat") BiocManager::install("patchwork") BiocManager::install("ggplot2") 2. 数据预处理 2.1 构建单...
conda 安装 如果上述步骤尝试不可行,请尝试下面方法用 conda 安装 R 及 Seurat #创建r4的虚拟环境conda install r-base=4.2.3-c conda-forge conda install r-seurat (安装的版本为4.2.3) 用conda 安装的R包将储存在~/miniconda3/envs/r4/lib/R/library 加载报错,解决办法 参考:https://www.jianshu.com/...
RStudio下载地址: https://rstudio.com/products/rstudio/download/#download 选择RStudio-1.3.959.exe(for Windows) 图5 选择Rstudio for Windows 双击.exe安装,安装路径应该为全英文。 图6 安装RStudio 在安装路径下的 ./RStudio/bin/ 里可以找到rstudio.exe,选择添加快捷方式到桌面,以后就可以直接用了。
1.2 分析R包安装 2. 数据预处理 2.1 构建单细胞Seurat对象 Read10X函数读取，返回独特的分子识别（UMI）计数矩阵。矩阵中的行值表示每个功能（即基因）；列值表示在每个细胞中检测到的分子数量。2.2 单细胞数据质控 为分析得到高质量和可靠的单细胞数据，保证后续分析结果的准确度，通常会设置以下QC...
可以用hisat2+featureCounts进行操作;或者如果不想比对的话,也可以用salmon进行操作配置conda1#安装conda2wget https://mirrors.tuna./anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh3bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh4#激活5source ~/.bashrc67#添加镜像8cond...
library(devtools)install_github("velocyto-team/velocyto.R")library(velocyto.R) 未完待续 欢迎关注~ 参考: https://velocyto.org/velocyto.py/tutorial/cli.html#running-velocyto http://velocyto.org https://doi.org/10.1038/s41586-018-0414-6
需要自行下载安装一些必要的R包,主要是scRNAseq,然后是其它一些辅助包用来探索这个数据集。 if(!requireNamespace("Rtsne"))install.packages("Rtsne")if(!requireNamespace("FactoMineR"))install.packages("FactoMineR")if(!requireNamespace("factoextra"))install.packages("factoextra")if(!requireNamespace("BiocMa...
1.1 安装R包 rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.cloud.tencent.com/CRAN/"))options(download.file.method='libcurl')options(url.method='libcurl')#BiocManager::install("SingleR")...
1# 安装conda 2wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 3bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 4# 激活 5source ~/.bashrc 6 7# 添加镜像 8conda config --add channels r 9conda config --add channels conda-forge10conda config --add...