做scRNAseq分析,用到的是varscan软件和annova数据库。 annova数据库下载地址:ANNOVAR website 下载之后,输入以下代码,下载人类基因突变数据库: annovar的database:需要将Annovar软件下载后,使用 annotate_variation.pl 下载数据库,下载示例如下: perl annotate_variation.pl -buildver hg38 --downdb --webfrom annovar...
scRNA-seq数据量快速增长,需要建立数据库和工具来容纳和分析这些数据。 (2)许多scRNA-seq数据库都是利用人类和模式动物的数据开发的。目前还没有针对多个植物物种的scRNA-seq数据库,特别是没有一个包含综合分析结果的数据库,如特定细胞类型的marker基因及其表达谱。因此,为植物建立一个全面的scRNA-seq数据库势在必行...
Cell BLAST是一个自带高质量参考数据库的scRNA-seq数据检索/注释工具,能做细胞类型鉴定、发现新细胞类型、注释连续细胞状态。这个网站由北京大学的研究团队研发,今年7月份相关论文发布在在《Nature Communications》这一数据库为有效利用现有数据进行细胞注释和跨数据集研究提供了新的工具和资源。 详细介绍--Cell BLAST:sc...
单细胞技术的研究近年呈指数级增长,我们以“Single-Cell RNA Sequencing”为关键词检索PubMed可以发现,截止2021年9月份已发表研究论文7200余篇,2021年1月至9月份就发表相关论文2270余篇,已超过2020年全年发表论文总量。 不难想象,今后科研课题组、研究中心中将产生对相关专业人才的极大需求,单细胞分析数据的结果为设计...
精确的单细胞转录组(scRNA-seq)数据检索和注释需要:1. 克服数据集之间的批次效应;2. 跨物种、平台、具有高质量注释的scRNA-seq数据库。 近日,北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)、北京未来基因诊断高精尖创新中心(ICG)、北京大学生命科学学院生物信息中心(CBI)、蛋白质与植物基因研究国家重点实验室的研究团队在《Na...
图7| 数据库CNGB database 5、 华大单细胞实验技术流程 scRNA-seq 1)单细胞悬液制备:将样品制备成单细胞悬液、调整合适的单细胞悬液浓度 2)单细胞分离:通过液滴微流控口吸管进行液滴生成,捕获mRNA。 3)逆转录:将生成的液滴经过破乳后,构建逆转录反应体系完成 RNA ...
将细胞身份分配给细胞亚群,这一过程称为细胞类型注释,是 scRNA-seq 数据分析中的关键步骤。细胞类型的手动注释非常耗时且可能具有主观性。因此,已经开发了用于自动细胞类型注释的新兴计算工具。这些计算方法通常可以分为三大类。 第一类是基于标记基因的,这依赖于公共数据库或文献中细胞类型特异性标记的可用性。CellMarke...
研究团队开发了scRNA-seq数据跨物种整合策略(BENGAL)流程,对28种跨物种单细胞转录组学数据整合策略进行了基准测试,包括4种通过同源性进行跨物种基因匹配的方法和10种整合算法。基于一致的细胞类型同源性和统一的本体标注,使用4个指标来评价物种混合程度,6个指标来评价生物保护程度。
sc-RNA可以获得比bulk-RNA-seq更多、更精细的markers和pathways 不同类型细胞受到衰老影响的程度不同 基于scRNA数据发现衰老相关基因ApoE 绝大多数差异基因都有亚群特异性 不同细胞类型的总体变化不是很显著 第7亚群(OLG_7)的ApoE显著与衰老有关。图6-1：ApoE基因在不同细胞亚群中的差异表达情况 通路分析显示细胞间...
TISCH:肿瘤微环境的scRNA-seq数据库 TISCH收集了人类和小鼠的肿瘤相关scRNA-seq研究,除了未经治疗的患者的数据集外,还包括那些接受过治疗的患者的数据集。该数据库在单细胞水平上提供详细的细胞类型注释,从而能够在不同的癌症类型中探索肿瘤微环境。 http://tisch.comp-genomics.org/ ...