本研究以SARS-CoV-2刺突蛋白为例,展示了AF2Complex在预测抗体-抗原相互作用方面的能力。通过测试36个抗体-RBD目标,组合三种MSA策略可在超过60%的目标中生成显著的结构预测,并在近一半测试集中获得高置信度的预测。在扩展测试中,RBD结合策略的精确度达90%,组合策略召回率为32%,精确度为82%。使用包含针对同一抗原的...
此外,模型还能够预测B.1.1.529变异突变对Ly-CoV555疗效的有害影响,预计结合亲和力降低200倍;这一预测已在临床研究中得到证实。并且模型只需要11个输入节点来预测其他蛋白−蛋白的结合亲和力,包括与抗原结合的其他抗体,与先前使用的机器学习模型需要成百上千的描述符作为输入相比,减少了较多的开销。 参考文献 Zhang H...
使用五个训练模型的平均预测ΔΔG对CDR中的突变体进行评分,因为模型是以五重交叉验证方式训练的。突变按抗原变体分组并按升序排序;ΔΔG值越低的抗体越值得关注。还使用GeoPPI作为另一个ΔΔG预测因子,用于基于pretrained graph神经网络和random ...
艾滋病毒和流感病毒都以惊人的速度变异,这意味着疫苗学家必须试图找到能随时间保持恒定并引发强烈而持久的免疫反应的抗原表位,这是一个很高的要求,因为那些最被免疫系统识别的表位也是最可变的。牛津大学的科学家创建了一套方程式来模拟季节性流感病毒每年的进化过程并发现了他符合这两个标准的表位,这使他们成为抗流感...
基于DMS 数据计算不同表位类别抗体的相对权重,结合交叉中和效力和抗体药代动力学,研究人员估计了暴露于武汉 - Hu - 1 变异株抗原后中和 Delta 变异株和 Omicron(BA.1)变异株的概率。结果表明,Delta 变异株在暴露后短期内可被几乎完全中和,但中和概率在 100 - 250 天内降至 50%;Omicron BA.1 变异株在暴露后...
利用碳纳米管薄膜作为传感表面,制备电阻式生物传感器,检测免疫球蛋白G (IgG)和SARS-CoV-2抗原蛋白,薄膜的排列、厚度、表面粗糙度和表面覆盖等性能可以被调整。在此,作者利用机器学习模型来分析这些薄膜特性对生物传感器灵敏度的相对重要性和...
目前世界上已经开发了几种有效预防COVID-19的疫苗,但是突变的SARS-CoV-2不断出现,迅速传播的突变体表明这种病毒可以轻松适应其刺突蛋白(S蛋白)的抗原变化,而不失去任何适应能力。目前几乎所有与病毒复制的分子和细胞细节、病理和毒性相关的机制认识都是通过早期SARS-Cov原型产生的。
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1.SARS-CoV-2与整个蛋白质组的相互作用SARS-CoV-2蛋白与宿主之间的相互作用结果显示，SARS-CoV-2 被分配到更多的亚细胞区（图2），GO数据库中的基因富集分析显示DNA复制、RNA引物合成(GO:0006269)和肽抗原转运(GO:0046968)过程的富集程度最高。利用WikiPathways 和KEGG数据库对相互作用组中报告的蛋白质进行富集...