SAIGE-GENE+算法具有如下特性:1) 基于混合模型,可以描述样本之间的遗传关联性;2) 支持Burden tests, SKAT与SKAT-O检验方法,因而在不同的遗传模型中都具有较好的统计效力;3) 允许用户基于不同的先验知识,比如遗传位点的功能信息,来设定多种...
与SAIGE 在步骤 1 中用于单变量关联测试的输出相同 特定于稀有变异的 SAIGE-GENE+,方差比文件包含多个方差比,而不是单个方差比 模型文件(步骤 2 的输入)) 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ./output/example_binary.rda #load the model fileinRload("./output/example_binary.rda")names(...
首先创建一个新的文件夹 mkdir SAIGE-GENE+ #然后根据官网的流程一步步安装,官网链接:https://saigegit.github.io/SAIGE-doc/docs/Installation_sourcecode.html 在安装过程中会出现一些问题。下面将我遇到的问题以及解决方法放上来。 首先安装各种依赖: conda install -c conda-forge r-base conda install -c "c...
An existing method, SAIGE-GENE, performs well when testing variants with minor allele frequency (MAF)≤1%, but inflation is observed in variance component set-based tests when restricting to variants with MAF≤0.1% or 0.01%. Here, we propose SAIGE-GENE+ with greatly improved typeI error ...
1.以软件为主体,介绍了统计遗传中gene-based方法思想。2.介绍了软件的特性及算法,及应用场景。3.涉及了一些统计学知识和计算机相关的介绍。, 视频播放量 1111、弹幕量 0、点赞数 37、投硬币枚数 23、收藏人数 57、转发人数 12, 视频作者 进化之眼bsz, 作者简介 Doctor 进
docker extdata man src thirdParty .Rbuildignore .gitignore DESCRIPTION INDEX LICENSE Makefile NAMESPACE README.md configure Repository files navigation README GPL-3.0 license HERE we are maintaining an newly improved stable version of SAIGE and SAIGE-GENE+. Please find thehttps://saigegit.github....
Install SAIGE/SAIGE-GENE List of dependencies: R-3.6.1, gcc >= 5.4.0, cmake 3.14.1,cget R packages: "R.utils", "Rcpp", "RcppParallel", "RcppArmadillo", "data.table", "RcppEigen", "Matrix", "methods", "BH", "optparse", "SPAtest", "SKAT","MetaSKAT" ...
“About 90 per cent of pancreatic cancer is driven by mutations in the gene called KRAS, leading to uncontrolled tumour growth. “By using advanced genetic techniques, Dr Zeissig hopes to uncover the underlying pathways that drive good responses from drugs targeting KRAS. ...
输入文件(与 SAIGE 步骤 1 中的输入相同) 与SAIGE 在步骤 1 中用于单变量关联测试的输入相同 对于稀有变体,PLINK 文件 –plinkFile= 特定于 SAIGE-GENE+,需要包含 MAC 低至 10 的稀有变体。 (必填)表型文件(包含协变量(如果有),如性别和年龄)文件可以是空格,也可以是用标题以制表符分隔的。该文件必须包含一...
SAIGE-GENE(现在称为SAIGE-GENE+)是R包中的新方法扩展,用于基于集合的罕见变异分析。执行BURDEN、SKAT 和 SKAT-O 分析 允许对多个次要等位基因频率阀值和功能注释进行分析 允许在基于集合的分析中指定标记的权重 执行条件分析以识别独立于近 GWAS 信号的关联...