本系列将详细介绍RNA-seq的分析流程与实战 学习目标 了解从RNA提取到获取基因表达矩阵, 既RNA-seq分析的整个流程。 1. workflow 进行差异表达基因分析的前提是,获取代表基因表达水平的矩阵。因此在进行分析前,必须知道基因表达矩阵是如何产生的。 在本教程中,将会简要的介绍从原始测序读数到基因表达计数矩阵过程中,所...
1. 简介 在过去的十年中,RNA-seq已成为转录组差异表达基因和mRNA可变剪切分析不可或缺的技术。正确识别哪些基因或转录本在特定条件下的表达情况,是理解生物反应过程的关键。 在本教程中,将借助许多R包,带你进行一个完整的RNA-seq分析过程。将从读取数据开始,将伪计数转换为计数,执行数据分析以进行质量评估并探索样...
了解从RNA提取到获取基因表达矩阵, 既RNA-seq分析的整个流程。 1. workflow 进行差异表达基因分析的前提是,获取代表基因表达水平的矩阵。因此在进行分析前,必须知道基因表达矩阵是如何产生的。 在本教程中,将会简要的介绍从原始测序读数到基因表达计数矩阵过程中,所采取的不同步骤。下图是整个分析过程的流程图。 RNA-...
了解从RNA提取到获取基因表达矩阵, 既RNA-seq分析的整个流程。 1. workflow 进行差异表达基因分析的前提是,获取代表基因表达水平的矩阵。因此在进行分析前,必须知道基因表达矩阵是如何产生的。 在本教程中,将会简要的介绍从原始测序读数到基因表达计数矩阵过程中,所采取的不同步骤。下图是整个分析过程的流程图。 RNA-...
学习目标了解模型拟合的过程比较两种假设检验方法(Wald test vs. LRT)了解多重测试校正的重要性了解用于多重测试校正的不同方法1. 模型拟合和假设检验 DESeq2 工作流程的最后一步是对每个基因进行计数并将其拟合…
在过去的十年中,RNA-seq已成为转录组差异表达基因和mRNA可变剪切分析不可或缺的技术。正确识别哪些基因或转录本在特定条件下的表达情况,是理解生物反应过程的关键。 在本教程中,将借助许多R包,带你进行一个完整的RNA-seq分析过程。将从读取数据开始,将伪计数转换为计数,执行数据分析以进行质量评估并探索样本之间的关...
258 -- 34:01 App 在R中利用单细胞RNA-Seq数据集,使用Seurat(CCA)进行详细的Seurat工作流教程 1792 -- 7:40 App 微阵列和RNA-seq测序比较 4976 -- 58:18 App RNA-Seq中差异可变剪切分析 344 -- 24:33 App Rna-Seq Experimental Design RNA测序 416 -- 47:15 App 单细胞RNA-seq数据综合处理 浏...
超详细RNASeq分析流程。教程内容:原始数据质控+原始数据清洗+数据比对+构建表达矩阵+差异数据探索+差异分析及相关可视化+GO富集分析及相关可视化+KEGG富集分析及相关可视化+GSEA分析及相关可视化 #数据分析 #生信分析 #RNA - 浩潮科技于20231110发布在抖音,已经收获了21个
RNA-seq 详细教程:似然比检验(13) 学习内容 应用似然比检验 (LRT) 进行假设检验 将LRT 生成的结果与使用 Wald 检验获得的结果进行比较 从LRT 显著基因列表中识别共享表达谱 似然比检验 在评估超过两个水平的表达变化时,DESeq2还提供似然比检验作为替代方法。被确定为重要的基因是那些在不同因子水平上在任何方向...